上海金畔生物科技有限公司代理New England Biolabs(NEB)酶试剂全线产品,欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。
产品信息
本酶配有酶激活溶液,可用于辅助 FspEI 高效酶切。
在真核生物中最常见的表观遗传学修饰为 CpG 或 CHG 位点处的甲基化标记。这些修饰位点中有一部分可被 FspEI 识别并酶切。
在完全甲基化的 CpG 位点处:
5´. . . C mC G G . . . 3´
3´. . . G G mC C . . . 5´
或 CHG 位点:
5´. . . C mC H G G . . . 3´
3´. . . G G D mC C . . . 5´
H = A 或 C 或 T(非 G)
D = A 或 G 或 T(非 G)
FspEI 单独识别每个半甲基化位点,并进行双向酶切,产生 32 碱基或 31 碱基的片段。这些片段包含中间的甲基化位点,并在各个末端含有 4 碱基 5´ 突出末端。FspEI 不会酶切未经修饰的 DNA。
产品来源
大肠杆菌菌株,携带有来自弗兰克氏菌属(Frankia)EAN1pec 合成的 FspEI 基因 。
- 产品类别:
- Discontinued (<3 years)
-
特性和用法
单位定义
一个单位是指在 50 µl 的总反应体系中,37°C 下,1 小时内酶切 1 µg pBR322(dcm+)DNA 所需的酶量。
反应条件
1X rCutSmart™ 缓冲液
Supplement with 1X 酶活化剂溶液
Incubate at 37°C1X rCutSmart™ 缓冲液
50 mM Potassium Acetate
20 mM Tris-acetate
10 mM Magnesium Acetate
100 µg/ml Recombinant Albumin
(pH 7.9 @ 25°C)在不同缓冲液中的活性
NEBuffer™ r1.1: <10%
NEBuffer™ r2.1: <10%
NEBuffer™ r3.1: <10%
rCutSmart™ Buffer: 100%稀释兼容性
- 稀释液 B
贮存溶液
10 mM Tris-HCl
300 mM NaCl
1 mM DTT
0.1 mM EDTA
500 µg/ml BSA
50% Glycerol
pH 7.4 @ 25°C热失活
80°C for 20 minutes
甲基化敏感性
dam 甲基化: 不敏感
dcm 甲基化: 不敏感
CpG甲基化: 不敏感 -
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单独销售的组分
- NEBuffer 4
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注意事项
- 此酶用于表观遗传学分析,底物 DNA 的两条链中均包含 CpG 甲基化位点,被 FspEI 酶切后产生包含 CpG 甲基化位点的 32 bp 片段。对分离得到的 32 bp 片段进行测序可发现 5-mC 修饰位点(Cohen-Karni et al.,(2011)PNAS 108: 11040-11045)。
- 过量使用酶会抑制酶切。您需要优化每种底物 DNA 进行完全酶切所需的酶量。
- 延时酶切、高酶浓度或活化剂或甘油浓度 > 5% 等非理想的反应条件下可能出现星号活性,包括非甲基化 DNA 底物的酶切。每种底物 DNA 可能都需要优化酶量以实现高效的特异性酶切,同时避免星号活性。
- 可通过以下方式实现 5-mC 位点的最佳特异性酶切,在 1X 酶激活溶液中,将 FspEI 与 5-mC 识别位点的摩尔比介于 0.1:1 到 1:1 之间,酶切时间不超过 60 分钟。(FspEI 的摩尔浓度约为 0.6 μM)。
- 对 CpG、dcm 或 dam 甲基化均不敏感。
- 延长酶切时间、高浓度酶或 >5% 的甘油浓度可能产生星号活性
-
参考文献
- Zheng, Y. et al. (2010). Nucl. Acids Res. doi:10, 1093/nar/gkq327.
- U.S. Publication No. 2010-0167942 Unpublished observation
- Cohen-Karni D et al. (2011). The MspJI family of modification dependent restriction endonucleases for epigenetic studies.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.. Jul 5;108(27):, 11040-5.
操作说明、说明书 & 用法
-
操作说明
- Restriction Digest Protocol
- Protocol for generating 32 bp fragments from modified CpG sites in genomic DNA using MspJI, FspEI or LpnPI
-
使用指南
- Activity at 37°C for Restriction Enzymes with Alternate Incubation Temperatures
- Activity of Restriction Enzymes in PCR Buffers
- Cleavage Close to the End of DNA Fragments
- Digestion of Agarose-Embedded DNA: Info for Specific Enzymes
- Double Digests
- Heat Inactivation
- NEBuffer Activity/Performance Chart with Restriction Enzymes
- Optimizing Restriction Endonuclease Reactions
- Restriction Endonucleases – Survival in a Reaction
- Restriction Enzyme Diluent Buffer Compatibility
- Restriction Enzyme Tips
- Single Letter Codes
- Star Activity
- Traditional Cloning Quick Guide
工具 & 资源
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选择指南
- Alphabetized List of Recognition Sequences
- Compatible Cohesive Ends and Generation of New Restriction Sites
- Dam-Dcm and CpG Methylation
- DNA Methylation Table
- Enzymes with Nonpalindromic Sequences
- Frequencies of Restriction Sites
- Isoelectric Points (pI) for Restriction Enzymes
- Isoschizomers
- NEB Diluent and Buffer Table
- Restriction Enzymes for Epigenetics Selection Chart
- Why Choose Recombinant Enzymes?
-
Web 工具
- Competitor Cross-Reference Tool
- DNA Sequences and Maps Tool
- Double Digest Finder
- Enzyme Finder
- NEBcutter™ v3.0
- NEBioCalculator®
- REBASE®
FAQs & 问题解决指南
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FAQs
- How can I minimize off target or star activity?
- Should I add more enzyme to get more cutting?
- Is this enzyme sensitive to dam, dcm or mammalian CpG methylation?
- Can you tell me more about the switch from BSA to Recombinant Albumin (rAlbumin) in NEBuffers?
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问题解决指南
- Restriction Enzyme Troubleshooting Guide