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8-氧代鸟嘌呤 DNA 糖基酶（Fpg） |NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品信息

Fpg（甲酰胺嘧啶 [fapy]-DNA 糖基酶），也称作 8-氧代鸟嘌呤 DNA 糖基酶，既有 N-糖基酶活性也有 AP-裂解酶活性。N-糖基酶活性可以切下双链 DNA 上受损的嘌呤碱基，产生一个脱嘌呤（AP）位点。AP-裂解酶活性可以切割 AP 位点的 3´ 端和 5´ 端，从而去除 AP 位点，产生一个具有 3´ 和 5´ 磷酸的碱基缺口。被 Fpg 识别并切除的受损碱基包括：7,8-二羟基-8-氧代鸟嘌呤（8-氧代鸟嘌呤）、8-氧代腺嘌呤、fapy-鸟嘌呤、甲基-fapy-鸟嘌呤、fapy-腺嘌呤、黄曲霉毒素 B1-fapy-鸟嘌呤、5-羟基-胞嘧啶和 5-羟基尿嘧啶（1,2）。

产品来源

大肠杆菌菌株，携带 8-氧代鸟嘌呤 DNA 糖基酶（Fpg）基因（3）

产品类别:
DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases Products

应用:
Polymerases for DNA Manipulation

  • 产品组分信息

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • M0240S     -20    
        Fpg M0240SVIAL -20 1 x 0.065 ml 8,000 units/ml
        NEBuffer™ 1 B7001SVIAL -20 1 x 1.25 ml 10 X
        Recombinant Albumin, Molecular Biology Grade B9200SVIAL -20 1 x 0.6 ml 20 mg/ml
    • M0240L     -20    
        Fpg M0240LVIAL -20 1 x 0.32 ml 8,000 units/ml
        NEBuffer™ 1 B7001SVIAL -20 1 x 1.25 ml 10 X
        Recombinant Albumin, Molecular Biology Grade B9200SVIAL -20 1 x 0.6 ml 20 mg/ml

  • 特性和用法

    单位定义

    1 单位指在 10 μl 反应体系中，37℃ 条件下，1 小时内能切割 10 pmol 含单个与胞嘧啶配对的 8-氧代鸟嘌呤的 34 bp 寡核苷酸双链所需要的酶量。

    反应条件

    1X NEBuffer™ 1
    Supplement with 100 µg/ml Recombinant Albumin, Molecular Biology Grade
    Incubate at 37°C

    1X NEBuffer™ 1
    10 mM Bis-Tris-Propane-HCl
    10 mM MgCl2
    1 mM DTT
    (pH 7 @ 25°C)

    彗星实验稀释

    彗星试验的推荐稀释倍数：1:103 到 1:104（4,5,6）。具体操作说明请登陆：http://cometassay.com。

    贮存溶液

    20 mM Tris-HCl
    50 mM NaCl
    0.5 mM EDTA
    200 µg/ml BSA
    50% Glycerol
    pH 8 @ 25°C

    热失活

    60°C for 10 minutes

    单位活性检测条件

    10 μl 总反应体系，含 1X NEBuffer 1、10 pmol 荧光标记寡核苷酸双链和 100 µg/ml BSA。

  • 相关产品

    单独销售的组分

    • NEBuffer 1
    • 重组白蛋白, 分子生物学级（不含动物成分）

  • 参考文献

    1. Tchou, J. et al. (1994). Substrate specificity of Fpg protein. J. Biol.Chem.. 269, 15318-15324.
    2. Hatahet, Z. et al. (1994). Newsubstrates for old enzymes. J. Biol.Chem.. 269, 18814-18820.
    3. Boiteux, S., O’Connor, T. and Laval, J. (1987). Formamidopyrimidine-DNA glycosylase of Escherichia coli: cloning and sequencing of the fpg structural gene and overproduction of the protein. EMBOJ.. 5, 18814-18820.
    4. Singh, N., McCoy, M., Tice, R. and Schneider, L. (1988). A simple technique for quantitation of low levels of DNA damage in individual cells. Exp.Cell Res.. 175, 184-191.
    5. Collins, A., Duthie, S. and Dobson, V. (1993). Direct enzymatic detection of endogenous oxidative base damage in human lymphocyte DNA. Carcinogenesis. 14, 1733-1735.
    6. Collins, A., Dusinska, M., Gedik, C. and Stetina, R. (1996). Oxidative damage to DNA: do we have a reliable biomarker?. Environ.Health Perspect.. 104, 465-469.
    7. Pflaum, M., Will, O., Mahler, H.-C. and Epe, B. (1998). DNA oxidation products determined with repair endonucleases in mammalian cells: types, basal levels and influence of cell proliferation. FreeRad. Res.. 29, 585-594.
    8. Hartwig, A., Dally, H. and Schlepegrell, R. (1996). Sensitive analysis of oxidative DNA damage in mammalian cells: use of the bacterial Fpg protein in combination with alkaline unwinding. Toxicol.Lett.. 88, 85-90.
    9. Czene, S. and Harms-Ringdahl, M. (1995). Detection of single strand breaks and formamidopyrimidine-DNA glycosylase-sensitive sites in DNA of cultured human fibroblasts. Mutat.Res.. 336, 235-242.

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Comet Assay – Modified for Detection of Oxidized Bases Using the Repair Endonucleases Fpg, hOGG1 and Endonuclease III (Nth)

  • 使用指南

    • DNA Damage and PreCR

工具 & 资源

  • 选择指南

    • Activities of DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases
    • DNA Repair Enzymes on Damaged and Non-standard Bases
    • Properties of DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. What is the activity of Fpg in the NEBuffers 1-4?
    2. Does Fpg cleave hydroxymethyl uracil?
    3. Does Fpg cut only one strand, or do they cause a double-strand break?
    4. What is the Molecular Weight of Fpg?
    5. What is the difference between using Fpg and hOOG1?
    6. Does the Fpg contain a tag?
    7. What buffer will work with both Endonuclease III and Fpg?
    8. What substrate is Fpg tested on?
    9. What is the activity of Fpg in rCutSmart Buffer?

T4 PDG 嘧啶二聚体糖基酶（T4 核酸内切酶 V） |NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品信息

T4 PDG（嘧啶二聚体糖基酶）既有 DNA 糖基酶活性，又有 AP 裂解酶活性。16 KD 的蛋白质可识别因紫外线照射引起的 cis-syn 型环丁烷嘧啶二聚体。该酶切割嘧啶二聚体的 5´ 端糖苷键，同时其内切酶活性切割 AP 位点上的磷酸二酯键。

产品来源

从携带有编码 T4 denV 基因质粒的大肠杆菌菌株中纯化获得。

产品类别:
DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases Products

  • 产品组分信息

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • M0308S     -20    
        T4 PDG (T4 Endonuclease V) M0308SVIAL -20 1 x 0.2 ml 10,000 units/ml
        T4 PDG Reaction Buffer B0308SVIAL -20 1 x 1.5 ml 10 X
        Recombinant Albumin, Molecular Biology Grade B9200SVIAL -20 1 x 0.6 ml 20 mg/ml

  • 特性和用法

    单位定义

    1 单位指在 20 µl 反应体系中，37℃ 条件下，30 分钟使超过 95% 的 0.5 µg 经紫外线照射诱变的超螺旋 pUC19 DNA 变成切刻型质粒所需的酶量。切刻可通过琼脂糖凝胶电泳检测。诱变后的质粒 DNA 平均含有 3-5 个嘧啶二聚体。

    反应条件

    1X T4 PDG 反应缓冲液
    Supplement with 100 µg/ml Recombinant Albumin, Molecular Biology Grade
    Incubate at 37°C

    1X T4 PDG 反应缓冲液
    100 mM NaCl
    1 mM DTT
    1 mM EDTA
    25 mM Na2HPO4
    (pH 7.2 @ 25°C)

    贮存溶液

    10 mM Tris-HCl
    250 mM NaCl
    1 mM DTT
    0.1 mM EDTA
    50% Glycerol
    0.15% Triton® X-100
    pH 7.4 @ 25°C

    热失活

    否

    单位活性检测条件

    20 µl 总反应体系，含 1X T4 PDG 反应缓冲液、0.5 µg 经紫外线照射诱变的超螺旋 pUC19 DNA 和 100 µg/ml BSA。

  • 优势和特性

    应用特性

    • DNA 损伤研究
    • 单细胞凝胶电泳（彗星试验）

  • 相关产品

    单独销售的组分

    • 重组白蛋白, 分子生物学级（不含动物成分）

  • 注意事项

    1. 缓冲液在 4℃ 时会产生沉淀，因此需将其加热至室温。
    2. 该酶在 NEBuffer 4（NEB #B7004）中具有 100% 的活性，在 NEBuffer 1 – 3（NEB #B7001、NEB #B7002、NEB #B7003）中具有 75% 的活性。
    3. 为取得最佳使用效果，建议温育时间不超过 30 分钟。
    4. 反应后，电泳前，在 6X 上样缓冲液中加入终浓度为 0.5% 的 SDS 或 1 µl 苯酚，以分离蛋白与 DNA 的结合，从而改善电泳结果。

  • 参考文献

    1. Higgins, K.L. and Lloyd, R.S. (1987). Mutation Research. 183, 117-121.

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Protocol for T4 PDG (M0308)

  • 使用指南

    • DNA Damage and PreCR

工具 & 资源

  • 选择指南

    • Activities of DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases
    • DNA Repair Enzymes on Damaged and Non-standard Bases
    • Properties of DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. What is the activity of T4 PDG in the NEBuffers 1-4?
    2. What is the molecular weight of T4 PDG?
    3. Is T4 PDG a tagged protein?
    4. Can the T4 PDG be used in the comet assay?
    5. Does T4 PDG remove the damaged base?
    6. What type of damaged DNA does T4 PDG recognize?

WarmStart® Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG） |NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品信息

配方中加入温度低于 42℃ 的条件下活性会受到抑制的可逆结合核酸适配体，来源于古生球菌属（Archaeoglobus fulgidus）的 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）可在温度 > 42℃ 的条件下高效催化含尿嘧啶的单链或双链 DNA 释放游离尿嘧啶。

图 1：WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）在温度低于 42℃ 的条件下未检测到活性。

WarmStart® Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG） |
（A）Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）（NEB #M0279）和 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）（NEB #M1282）的 UDG 活性温度曲线比较表明，在温度低于 42℃ 的条件下，WarmStart 的 UDG 活性会受到抑制。将 0.002 U 的 Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）或 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）与 1.8 pmol 荧光标记的且含一个尿嘧啶碱基的 47 mer 单链 DNA 寡核苷酸在不同温度（25 – 65℃）温育 30 分钟，测得 UDG 活性。尿嘧啶切除后，对生成的脱碱基位点进行化学切割（1M NaOH，85℃，10 分钟），然后在 Applied Biosystems 3730xl 基因分析仪（96 通道）上进行毛细管电泳（CE）片段分析。结果表明，虽然 WarmStart 版本的 Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）在 65℃ 时表现出与 Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶相似的活性，但 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）在 25℃ 时未检测到活性。

（B）低温范围（30 – 45℃）内且存在 dUTP 的情况下，使用 WarmStart Afu尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）（上图）、Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）（中图）或不使用 UDG（下图），对 Lambda DNA 的 500 bp 扩增子进行链置换扩增（SDA）。在不使用 UDG 的情况下，SDA 在整个温度范围内产生了一条 500 bp 的条带（下图），但温度 > 31℃ 时，SDA 受到 Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）的完全抑制（中图）。抑制扩增子生成的原因是尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）在低温下的固有活性，它会在含 dU 的扩增子中生成脱碱基位点，从而阻止其进一步扩增。然而，WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）的存在（上图）对含 dU 扩增子的扩增几乎没有影响，只是在 45℃ 左右时产物产量略有下降，这表明 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）在温度 > 42℃ 的条件下具有活性。

图 2：WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）可在 65℃ 时高效酶切含尿嘧啶的扩增产物。

WarmStart® Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG） |

 
（A）使用 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）避免 SDA 扩增后交叉污染的示意图。在不含 UDG 或含有 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）且 dUTP 存在的情况下，在 34℃ 时扩增 500 bp 扩增子，该情况下 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）无活性。SDA 后，将反应在 65℃ 温育 20 分钟，以便在先前引入的 dU 所在位置生成脱碱基位点。然后，在碱性条件下于 85℃ 温育 10 分钟，切割脱碱基位点的 DNA 骨架。

（B）在 65℃ 扩增和处理 20 分钟后，凝胶电泳观察显示，不含 UDG 和含有 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）的样品都有相似的 500 bp 扩增产物产量。然后，在碱性条件下于 85℃ 温育 10 分钟，切割脱碱基位点的 DNA 骨架。化学切割后，在不含 UDG 的反应中，500 bp 产物保持完整，但在含有 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）的反应中，500 bp 产物的条带较弱且产物呈弥散状。

产品类别:
DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases Products

  • 产品组分信息

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • M1282S     -20    
        WarmStart® Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) M1282SVIAL -20 1 x 0.1 ml 2,000 units/ml
        ThermoPol® II (Mg-free) Reaction Buffer B9005SVIAL -20 1 x 1.5 ml 10 X

  • 特性和用法

    单位定义

    1 单位指在 1X Thermopol II 缓冲液中，65℃ 条件下，当总反应体积为 50 µl 时，在 30 分钟内，每分钟释放 60 pmol 荧光标记的且含一个尿嘧啶碱基的 47 mer 单链 DNA 寡核苷酸所需的酶量。

    反应条件

    1X ThermoPol® II（不含 Mg2+）反应缓冲液
    Incubate at 65°C

    1X ThermoPol® II（不含 Mg2+）反应缓冲液
    20 mM Tris-HCl
    10 mM (NH4)2SO4
    10 mM KCl
    0.1% Triton® X-100
    (pH 8.8 @ 25°C)

    贮存溶液

    10 mM Tris-HCl
    50 mM KCl
    1 mM DTT
    0.1 mM EDTA
    0.1 mg/ml Recombinant Albumin
    50% Glycerol
    pH 7.4 @ 25°C

    热失活

    否

    分子量

    理论上的: 22717 道尔顿

  • 相关产品

    相关产品

    • WarmStart® Nt.BstNBI
    • m0538-bst-20-warmstart-dna-polymerase

    单独销售的组分

    • ThermoPol® II (Mg-free) Reaction Buffer Pack

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Protocol for WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) (NEB #M1282)

工具 & 资源

  • 选择指南

    • Activities of DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases
    • DNA Repair Enzymes on Damaged and Non-standard Bases
    • Properties of DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. What is the activity of WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) in NEBuffers?
    2. Will WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) work in Thermopol® Buffer?
    3. What is the molecular weight of WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG)?
    4. Is WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) a tagged protein?
    5. Does the Uracil Glycosylase inhibitor (UGI) inhibit WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG)?
    6. Does WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) release uracil from ss and dsDNA?
    7. Does WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) cut RNA?
    8. Will WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) work in Fpg buffer?
    9. What does WarmStart mean?
    10. How can WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) be used for carryover prevention?
    11. What is Strand Displacement Amplification (SDA)?

尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）（也称：尿嘧啶-DNA 糖基化酶） |NEB酶试剂 New England Biolabs

发表于由

上海金畔生物科技有限公司代理New England Biolabs（NEB）酶试剂全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

产品信息

E. coli 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）催化从含尿嘧啶的 DNA 上释放尿嘧啶。UDG 能有效地水解单链或双链 DNA 上的尿嘧啶，但不能从 6 碱基或更少的寡核苷酸上水解尿嘧啶。

产品来源

大肠杆菌菌株，携带有克隆自大肠杆菌的 UDG 基因。

产品类别:
DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases Products

  • 产品组分信息

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • M0280S     -20    
        Uracil-DNA Glycosylase (UDG) M0280SVIAL -20 1 x 0.2 ml 5,000 units/ml
        UDG Reaction Buffer B0280SVIAL -20 1 x 1.5 ml 10 X
    • M0280L     -20    
        Uracil-DNA Glycosylase (UDG) M0280LVIAL -20 1 x 1 ml 5,000 units/ml
        UDG Reaction Buffer B0280SVIAL -20 1 x 1.5 ml 10 X

  • 特性和用法

    单位定义

    1 单位指每分钟从含尿嘧啶双链 DNA 上催化释放 60 pmol 尿嘧啶所需要的酶量。通过检测 37℃ 条件下，30 分钟从 50 µl 含 0.2 µg DNA（104-105 cpm/µg）的反应体系中释放 [3H]-尿嘧啶的量来确定活性。

    反应条件

    1X UDG 反应缓冲液
    Incubate at 37°C

    1X UDG 反应缓冲液
    20 mM Tris-HCl
    1 mM DTT
    1 mM EDTA
    (pH 8 @ 25°C)

    贮存溶液

    10 mM Tris-HCl
    50 mM KCl
    1 mM DTT
    0.1 mM EDTA
    0.1 mg/ml Recombinant Albumin
    50% Glycerol
    pH 7.4 @ 25°C

    热失活

    否

    单位活性检测条件

    50 µl 总反应体系，含 1X UDG 反应缓冲液、1 单位尿嘧啶 DNA 糖基酶、0.2 µg 3H-尿嘧啶 DNA（104 -°105cpm/μg），37℃ 温育 30 分钟。

  • 优势和特性

    应用特性

    • 在 37℃ 条件下，1 单位 UDG 与 0.1 µg 含尿嘧啶的 DNA 温育 10 分钟后，此 DNA 不能再被 DNA 聚合酶复制。95℃ 加热 10 分钟可使该酶 95% 的活性丧失。由于 95℃ 热处理后该酶仍有部分活性，建议加入尿嘧啶糖基酶抑制剂来阻止产物 DNA 的降解，也可以立即用酚/氯仿抽提反应产物。

  • 相关产品

    相关产品

    • 尿嘧啶糖基酶抑制剂（UGI）（也称：尿嘧啶糖基化酶抑制剂）

    单独销售的组分

    • UDG Reaction Buffer

  • 注意事项

    1. UDG 在较广的 pH 值范围内均有活性，最适 pH 为 8.0，不需要二价阳离子。活性受高离子强度（> 200 mM）所抑制。

  • 参考文献

    1. Lindahl, T. et al. (1977). J. Biol. Chem.. 252, 3286-3294.
    2. Wang, Z. et al. (1991). Gene. 99, 31-37.
    3. Devchand, P.R. et al. (1993). Nucl. Acids Res.. 21, 3437-3443.

操作说明、说明书 & 用法

  • 使用指南

    • DNA Damage and PreCR

工具 & 资源

  • 选择指南

    • Activities of DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases
    • DNA Repair Enzymes on Damaged and Non-standard Bases
    • Properties of DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. What is the activity of UDG in the NEBuffers 1-4?
    2. Will UDG work in T4 DNA ligase buffer?
    3. What is the molecular weight of UDG?
    4. Is UDG a tagged protein?
    5. I see that UDG works optimally at 37°C. Do you have another glycosylase that works at higher temperatures?
    6. Does the Uracil Glycosylase inhibitor (UGI) inhibit UDG?
    7. Does UDG cut RNA?
    8. Can UDG be used to remove dU from a short 21mer oligo? Do the dU residues need to be spaced in any special way to avoid problems with cleavage?
    9. Are there any specific recommendations for the use of UDG on single stranded DNA? The materials on the web and data card seem to describe conditions for use with dsDNA.
    10. What is the difference between UDG and UNG?
    11. Does UDG release uracil from ss and dsDNA?