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Next® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA） |NEB酶试剂 New England Biolabs

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上海金畔生物科技有限公司代理New England Biolabs（NEB）酶试剂全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

产品信息

NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA）经过精心设计，能够实现更精简、信息更丰富的 NGS 多重检测，在单个分子水平上跟踪测序反应，以及通过生物信息分析移除错误分配的 read 来获得最佳准确度。这些 Index 接头包含一对 Unique 双端 Index（i5 和 i7）和一个 UMI 序列，使得生成的文库可以在 PCR 或 PCR-free 的情况下均可进行多重检测。试剂盒提供 96 个独特的、预混的含有 UMI 的接头引物，包装在一个一次性的密封着可穿刺的铝箔封板膜 96 孔板中。通用引物混合液以独立包装提供。

按照文库制备试剂盒手册中的操作说明进行操作，即可简单便捷地将 UMI 接头 DNA 试剂盒 1 与 NEBNext DNA 文库制备试剂盒结合起来使用。无论选择文库制备试剂盒还是模块，都可以快速找到正确的使用手册：

  • NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645 或 NEB #E7103）
  • NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶（NEB #E7805 或 NEB #E6177）
  • NEBNext Ultra II 连接模块（NEB #E7595）

NEBNext 系列多样本接头引物试剂盒可用于 NEBNext 样品制备或其它兼容 Illumina 平台的标准文库制备流程。此外还提供用于 RNA 测序的含 UMI 接头的 Index 引物（NEB #E7416）。对于无需 UMI 的多重检测，NEBNext 提供了多种选择来提高灵活性，包括 Unique 双端 Index 引物（NEB #6440、NEB #6442、NEB #E6444 和 NEB #E6446）、双端 Index 引物（NEB #E7600 和 NEB #E7780）、单端引物（12 种和 96 种 Index 引物；NEB #E7335、NEB #E7500、NEB #E7710、NEB #E7730、NEB #E6609），以及适用于 EM-seq™ 和重亚硫酸盐测序（NEB #E7140）的引物。

图 1：NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA）实验流程

Next® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA） | 

图 2：NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA）可实现更高的连接效率。

Next® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA） |

A) 以 100、250 和 500 ng 的人细胞系 NA19240 基因组 DNA（Coriell 生物医学研究所）为起始样本，使用图中相应供应商提供的 Unique 双端 Index 引物接头和 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E6177）制备文库，不进行 PCR 扩增。连接后，使用 SPRIselect 磁珠进行两轮纯化，并使用 NEBNext 文库定量试剂盒（NEB #E7630）对文库进行定量。B) 以 100 ng NA19240 基因组 DNA 为起始样本，使用 Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒在 96 孔板中制备 90 个文库，供应商提供的 30 个接头引物如图所示，不进行 PCR 扩增。两轮磁珠纯化后，进行 qPCR 定量。

图 3：NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA）可更灵敏地检测低频变异。

Next® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA） |

AcroMetrix 肿瘤 Hotspot Control DNA（Thermo Scientific® #969056）作为突变 DNA 源（> 500 个突变，等位基因频率为 5-35%），以不同比例与 NA19240 基因组 DNA 混合，产生一系列不同的等位基因频率。使用 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）和 NEBNext Unique 双端 Index UMI 接头制备文库，并使用 Twist Bioscience® 的 152 个基因的定制 panel 对所有样本进行多重杂交捕获。使用 Illumina NovaSeq® 对文库进行测序，Read 被降采样至 1.1 亿，并使用 BWA MEM（0.7.17）比对至 hg38。在不使用 UMI 序列或构建 UMI 共有序列（Fgbio 0.8.1）的情况下，使用 MarkDuplicates（Picard 2.20.6）分析比对的 read。使用 Strelka2（2.9.10）从最终 BAM 文件中分析体细胞突变。（A）当使用 UMIs 删除重复序列，所得的 SNV 总数和正确的数量都增加。（B）用 UMI 进行共有序列比较，能提高检测灵敏度。等位基因频率越低，UMIs 在 SNV 检测中的优势就越大。
产品类别:
NEBNext® Multiplex Oligos (Adaptors & Primers) Products,
Next Generation Sequencing Library Preparation Products

  • 试剂盒组成

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • E7395S     -20    
        NEBNext® UMI DNA Adaptor Plate E7396AVIAL -20 1 x 2.5 μl/well Not Applicable
        NEBNext® Primer Mix E7397AVIAL -20 1 x 0.48 ml Not Applicable
        NEBNext® UMI Adaptor Dilution Buffer E7398AVIAL -20 2 x 2.5 ml Not Applicable
    • E7395L     -20    
        NEBNext® UMI DNA Adaptor Plate E7396AVIAL -20 4 x 2.5 μl/well Not Applicable
        NEBNext® Primer Mix E7397AAVIAL -20 2 x 0.96 ml Not Applicable
        NEBNext® UMI Adaptor Dilution Buffer E7398AAVIAL -20 1 x 20 ml Not Applicable

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Where can I find protocols for using NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4 (NEB #E7395, #E7874, #E7876, #E7878) with NEBNext Ultra II reagents?

  • 说明书

    产品说明书包含产品使用的详细信息、产品配方和质控分析。

    • manualE7395_E7874_E7876_E7878
    • manualE6177_E7805 w UMI Adaptors DNA
    • manualE7103_E7645 w UMI Adaptors DNA
    • manualE7595 w UMI Adaptors DNA

  • 使用指南

    • E7395_UMI_IlluminaLRM
    • Forward Strand Workflow Sample Sheet for E7395 UMI: NovaSeq 6000 with v1.0 reagent kits, MiniSeq with Rapid reagent kits, MiSeq, HiSeq 2000/2500 (paired-end flow cell), HiSeq 3000/4000 (single-read flow cell)
    • Forward Strand Workflow Sample Sheet for E7395: NovaSeq 6000 with v1.0 reagent kits, MiniSeq with Rapid reagent kits, MiSeq, HiSeq 2000/2500 (paired-end flow cell), HiSeq 3000/4000 (single-read flow cell)
    • Reverse Complement Workflow Sample Sheet for E7395 UMI: iSeq 100, MiniSeq with Standard reagent kits, NextSeq Systems, NovaSeq 6000 with v1.5 reagent kits, HiSeq 2000/2500 (single-read flow cell), HiSeq 3000/4000 (paired-end flow cell)
    • Reverse Complement Workflow Sample Sheet for E7395: iSeq 100, MiniSeq with Standard reagent kits, NextSeq Systems, NovaSeq 6000 with v1.5 reagent kits, HiSeq 2000/2500 (single-read flow cell), HiSeq 3000/4000 (paired-end flow cell)

工具 & 资源

  • 选择指南

    • NEBNext® Multiplex Oligos Selection Chart

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. What is the difference between NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors and NEBNext Adaptors for use with multiplex primers?
    2. What are the main applications for the NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4?
    3. How long are the UMIs and where are they on the adaptors?
    4. How are UMIs sequenced, and where can I find them?
    5. Can I skip UMI sequencing if I don’t need the UMIs for my applications?
    6. Are the NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4 compatible with NEBNext reagents for Illumina library preparation?
    7. Are the NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4 compatible with commercially available library prep reagents?
    8. How many reactions worth of the UMI adaptors are in each well?
    9. Are the adaptors methylated?
    10. What is the concentration of the adaptors and PCR primer mix in the NEBNext Multiplex Oligos (Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4)?
    11. How many indices are available with NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets1-4)? 
    12. Are the NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4 validated in next generation sequencing workflows?
    13. Are the NEBNext UMI Adaptors compatible with single-end and paired-end sequencing?
    14. Do I need to spike in custom sequencing primers when sequencing libraries made with NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4) on the Illumina platforms? 
    15. Can I perform single read runs and still get both index sequences? Can I run both single read and paired-end recipes with dual-indexed libraries?
    16. Where can I find the sample sheets for the NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4?
    17. What sequences need to be trimmed for NEBNext libraries that are sequenced on an Illumina instrument?

Next® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 RNA） |NEB酶试剂 New England Biolabs

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上海金畔生物科技有限公司代理New England Biolabs（NEB）酶试剂全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

产品信息

NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 RNA）经过精心设计，能够实现更精简和信息更丰富的 NGS 多重检测、更准确的转录本丰度测定，同时去除 PCR 重复。这些 Index 接头含有一对 Unique 双端 Index 引物（i5 和 i7）以及一个 11 nt UMI 序列。试剂盒提供 96 个独特的、预混的含有 UMI 的接头引物，包装在一个一次性的密封着可穿刺的铝箔封板膜 96 孔板中。通用引物混合液以独立小瓶提供。

如果按照 UMI 接头特定文库制备试剂盒手册（如下所示）中的操作说明进行操作，则可简单便捷地将 UMI 接头与一种 NEBNext RNA 文库制备试剂盒结合起来使用。

  • NEBNext Ultra II RNA 链特异性文库制备试剂盒（NEB #E7760 或 NEB #E7765）
  • NEBNext Ultra II RNA 非链特异性文库制备试剂盒（NEB #E7770 或 NEB #E7775）
  • NEBNext rRNA 去除试剂盒 v2 – 人/小鼠/大鼠（NEB #E7400 或 NEB #E7405）
  • NEBNext rRNA 去除试剂盒 – 细菌（NEB #E7850 或NEB #E7860）
  • NEBNext Globin RNA & rRNA 去除试剂盒 – 人/小鼠/大鼠（NEB #E7750 或 NEB #E7755）

NEBNext 系列多样本接头引物试剂盒可用于 NEBNext 样品制备或其它兼容 Illumina 平台的标准文库制备流程。除该试剂盒外，还提供含有 UMI 的 Index 引物接头，便于进行 PCR-free 和标准的 DNA 测序流程（NEB #E7395）。对于无需 UMI 的多重检测，NEBNext 提供了多款产品来提高灵活性，包括 Unique 双端 Index 引物（NEB #6440、NEB #6442、NEB #E6444、NEB #E6446）、双端 Index 引物（NEB #E7600 和 NEB #E7780）和单端 Index 引物（12 种和 96 种单端 Index 引物；NEB #E7335、NEB #E7500、NEB #E7710、NEB #E7730、NEB #E6609），以及适用于 EM-seq™ 和重亚硫酸盐测序的 Index 引物（NEB #E7140）。
 

下方显示的 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 RNA）实验流程详细介绍了文库制备流程的文库检索步骤。

图 1：NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 RNA）实验流程

Next® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 RNA） |

图 2：NEBNext Unique 双端 Index 引物 UMI 接头具有同样有效的连接和随后扩增

Next® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 RNA） |

A. 以通用人参考（UHR）RNA（Agilent® #740000）为起始样本，使用 NEBNext Poly(A) mRNA 磁性分离模块（NEB #E7490）富集后，再用 NEBNext Ultra II RNA 链特异性文库制备试剂盒（NEB #E7760）制备 96 个文库。使用 Agilent Tapestation 4200 评估建库产量，通过将单个文库产量除以 96 个文库的平均产量对文库进行标准化。全部 96 个 Unique 双端 Index 引物 UMI 接头的一致性和连接效率都很高。每根柱条代表至少 2 组平行重复实验的平均值。

B. NEBNext Unique 双端 Index 引物 UMI 接头具有均一的簇生成效率。96 个文库使用 Illumina NextSeq® 500（PE70）测序。每个文库预计占测序 read 总数的 1.04%。通过将实际的 read 数除以预期的 read 数对文库产量进行标准化。96 个 Unique 双端 Index 引物 UMI 接头文库均未出现偏嗜。

图 3：相较于其它 UMI 接头竞品，NEBNext Unique 双端 Index 引物 UMI 接头的性能更为优越

Next® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 RNA） |

以 UHR RNA 为起始样本， 使用 NEBNext Poly(A) mRNA 磁性分离模块（NEB #E7490）富集后，再使用 NEBNext Ultra II RNA 链特异性文库制备试剂盒（NEB #E7760）制备文库。

A. 以 3 种不同起始量（10 ng、100 ng 和 1,000 ng）的总 RNA 为起始样本，图中显示了三个文库的平均产量。使用 NEBNext Unique 双端 Index 引物 UMI 接头或 IDT xGen 双端 Index 引物接头进行接头连接。使用 Agilent Tapestation 4200 评估最终建库产量。

B. 在 Illumina NextSeq 500（PE70）上进行文库测序。向下抽样（seqtk）500 万个 read，并使用 HISAT 2.1 与 GRCh38 参考基因组进行比对。使用 fgbio（AnnotateBamWithUmis）添加 UMI 信息，并使用 MarkDuplicates（Picard 2.18.2.1）标记含有 UMI 的 read 和检测重复率。NEBNext® Unique 双端 Index 引物 UMI 接头制备的文库产生的 read 重复更少。

图 4：结合 UMI 进行分析可提升重复率定量分析的准确度

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以 3 种不同起始量的 UHR RNA（10 ng、100 ng 和 1,000 ng）为起始样本，使用 NEBNext Poly(A) mRNA 磁性分离模块（NEB #E7490）富集后，再使用 NEBNext Ultra II RNA 链特异性文库制备试剂盒（NEB #E7760）制备三个文库，然后在 NextSeq 500 上进行文库测序。向下抽样（seqtk）500 万个 read，并将 read 与 GRCh38 参考基因组（HISAT 2.1）进行比对，并使用 Fgbio（AnnotateBamWithUmis）添加 UMI 信息。提供两种计算重复的方式：位点和 UMI 信息（绿色条），或者仅是通过 MarkDuplicates（Picard 2.18.2.1）得到的位点（黄色条）。

图 5：Unique 双端 Index 引物 UMI 接头可校正 PCR 扩增引起的偏差

Next® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 RNA） |

以 UHR RNA 为起始样本， 使用 NEBNext Poly(A) mRNA 磁性分离模块（NEB #E7490）富集后，再使用 NEBNext Ultra II RNA 链特异性文库制备试剂盒（NEB #E7760）制备文库。以 3 种不同起始量的 RNA（10 ng、100 ng 和 1,000 ng）为起始样本，制备四个技术重复的文库。在 NextSeq 500（PE70）上进行文库测序，并向下抽样（seqtk）1,000 万个 read 来进一步分析。为评估 PCR 偏差，使用常规的转录本丰度分析（Salmon 0.9.1）将相同的测序 read 与去重的 UMI read 进行比对。首先与 GRCh38 参考基因组（HISAT 2.1）进行比对，然后使用 Fgbio 添加 UMI 信息，以此完成 UMI 去重复。将非重复 read 随机排序并转化为 fastq，然后使用 Salmon（0.9.1）重新评估转录本丰度。计算 UMI 调整后计数与未去重的原始 read 计数的比例。绘制所有文库中计数大于等于 1 且 UMI 与原始计数比例 ≥2 的转录本数量。总共检测到大约 9 万个转录本。文库制备中增加的 PCR 循环次数与 UMI 校正后迁移的转录本数量相关。

图 6：利用 MDM4（chr1:204,548.089-204,558,681）中的 UMI，调整比对到的 read 的 IGV 可视化图

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在 NextSeq 500（PE70）上测序的 10 ng 文库中，MDM4 位点的多个亚型显示，UMI 与原始计数的比例增长超 2 倍。独特分子的 read 以蓝色显示。可去除 UMI 序列确定的重复 read 以及比对到的 read 位置（红色条），从而提高下游分析中转录本丰度的准确性。

 

产品类别:
NEBNext® Multiplex Oligos (Adaptors & Primers) Products,
Next Generation Sequencing Library Preparation Products

  • 试剂盒组成

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • E7416S     -20    
        NEBNext® UMI RNA Adaptor Plate E7417AVIAL -20 1 x 5 μl/well Not Applicable
        NEBNext® Primer Mix E7397AVIAL -20 1 x 0.48 ml Not Applicable
        NEBNext® UMI Adaptor Dilution Buffer E7398AVIAL -20 2 x 2.5 ml Not Applicable
    • E7416L     -20    
        NEBNext® UMI RNA Adaptor Plate E7417AVIAL -20 4 x 5 μl/well Not Applicable
        NEBNext® Primer Mix E7397AAVIAL -20 2 x 0.96 ml Not Applicable
        NEBNext® UMI Adaptor Dilution Buffer E7398AAVIAL -20 1 x 20 ml Not Applicable

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Where can I find protocols for using NEBNext® RNA Library Prep reagents?

  • 说明书

    产品说明书包含产品使用的详细信息、产品配方和质控分析。

    • manualE7416
    • manualE7750_E7755 w UMI RNA Adaptors E7416
    • manualE7400_E7405 w UMI RNA Adaptors E7416
    • manualE7760_E7765 w UMI RNA Adaptors E7416
    • manualE7850_E7860 w UMI RNA Adaptors E7416
    • manualE7770_E7775 w UMI RNA Adaptors E7416

  • 使用指南

    • E7416_UMI_IlluminaLRM
    • Forward Strand Workflow Sample Sheet for E7416 UMI: NovaSeq 6000 with v1.0 reagent kits, MiniSeq with Rapid reagent kits, MiSeq, HiSeq 2000/2500 (paired-end flow cell), HiSeq 3000/4000 (single-read flow cell)
    • Forward Strand Workflow Sample Sheet for E7416: NovaSeq 6000 with v1.0 reagent kits, MiniSeq with Rapid reagent kits, MiSeq, HiSeq 2000/2500 (paired-end flow cell), HiSeq 3000/4000 (single-read flow cell)
    • Reverse Complement Workflow Sample Sheet for E7416 UMI: iSeq 100, MiniSeq with Standard reagent kits, NextSeq Systems, NovaSeq 6000 with v1.5 reagent kits, HiSeq 2000/2500 (single-read flow cell), HiSeq 3000/4000 (paired-end flow cell)
    • Reverse Complement Workflow Sample Sheet for E7416: iSeq 100, MiniSeq with Standard reagent kits, NextSeq Systems, NovaSeq 6000 with v1.5 reagent kits, HiSeq 2000/2500 (single-read flow cell), HiSeq 3000/4000 (paired-end flow cell)

工具 & 资源

  • 选择指南

    • NEBNext® Multiplex Oligos Selection Chart

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. What are the advantages of UMI adaptors? 
    2. What library prep kits are the NEBNext® Unique Dual Index UMI Adaptors for RNA compatible with? 
    3. How can I reduce adaptor dimer? 
    4. Do you have Sample Sheets for use with the NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (96 Unique Dual Index UMI Adaptors RNA Set 1)?
    5. Are NEBNext® Unique Dual Index UMI Adaptors for RNA validated in Next Generation Sequencing Workflows? 
    6. Are the NEBNext® Unique Dual Index UMI Adaptors for RNA compatible with single-read and paired-end sequencing?
    7. What are the concentrations of the adaptor and primers in the kit?
    8. How many reactions worth of adaptor is in each well?
    9. Is the NEBNext adaptor methylated?
    10. How many indices are available with NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (96 Unique Dual Index UMI Adaptors RNA Set 1) NEB #7416?
    11. Is the NEBNext® Unique Dual Index UMI Adaptor for RNA compatible with other manufacturer’s library preparation kits? 
    12. Are dual indexed libraries compatible with single end sequencing?
    13. What sequences need to be trimmed for NEBNext libraries that are sequenced on an Illumina instrument?

Next® 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物） |NEB酶试剂 New England Biolabs

发表于由

上海金畔生物科技有限公司代理New England Biolabs（NEB）酶试剂全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

产品信息

NEBNext® 接头采用了一种新型的发卡环状结构，能以更高的效率连接末端经修复和加 dA 尾的 DNA 片段。环状结构包含一个尿嘧啶（U），当尿嘧啶被 USER® 酶（UDG 和 Endo VIII 的混合物）切掉后，环状结构打开，使它可以成为 PCR 反应的底物。通过在 PCR 步骤中引入 NEBNext Index 引物，从而有助于实现多重测序文库制备。此试剂盒包含 96 对预混合的独特的 i5 和 i7 Index 引物，封装在可穿透铝箔密封的一次性 96 孔板中。

NEBNext 接头引物可与 NEBNext 产品以及其它兼容 Illumina 平台的标准文库制备流程。还提供 Unique 双端 Barcode 引物（NEB #E6440）、双端 Barcode 引物（NEB #E7600、NEB #E7780）、12 种和 96 种的单端 Index 引物（NEB #E7335、NEB #E7500、NEB #E7710、NEB #E7730、NEB #E6609），以及适用于 EM-seq™ 和重亚硫酸盐测序的 Index 引物（NEB #E7140）。

流程：

NEBNext 接头能够实现高效的接头连接和高文库产量，并最大限度减少接头二聚体的形成，专为 DNA、ChIP DNA 和 RNA（但不包括 Small RNA）文库制备而设计。得益于一种新型的发卡环状结构，其能以更高的效率连接末端经修复和加 dA 尾的 DNA 片段。环状结构包含一个 U，当 U 被 USER 酶（UDG 和 Endo VIII 的混合物）切掉后，它进而成为 PCR 反应的底物，此时可以使用 NEBNext Index 引物引入 Barcode 序列。此试剂盒包含 96 种预混合的 8 bp Index 引物，封装在可穿透铝箔密封的一次性 96 孔板中。

如需使用 384 种 Index 引物进行多重测序，请将此试剂盒与 NEB #E6440、NEB #E6444 和 NEB #E6446 结合使用。

图 1：NEBNext 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物）实验流程

Next® 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物） |

图 2：使用 NEBNext 接头和 Unique 双端 Index 引物可显著提高文库产量并最大限度减少接头二聚体

Next® 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物） |

以 100 ng 人源 NA19240 基因组 DNA（Coriell 研究所）为样本，用 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7805）制备 16 个文库。接头和引物来自 IDT® for Illumina -TruSeq® DNA UD Index（Illumina #20022370），或 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（96 种 Unique 双端 Index 引物）（NEB #E6440）。4 个 PCR 循环后，用 Agilent® TapeStation® 4000 定量文库。

A）使用 NEBNext 接头和 Unique 双端 Index 引物，以及其对应的实验流程制备的 8 个文库，平均文库产量提高了 60%。

B）根据 16 个文库的 TapeStation 检测结果，使用 IDT for Illumina 接头和引物制备文库产生了接头二聚体（橙色箭头所示），而用 NEBNext 接头和引物制备文库未产生接头二聚体，且文库的产量也更高。

图 3：使用 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物）扩增的文库在 Illumina NovaSeq™ 6000 上发生均匀的簇生成

Next® 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物） |

使用 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7805）和 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物）制备的 96 个文库，以等摩尔浓度混合并用 Illumina MiSeq® 和 NovaSeq® 6000 仪器测序。汇总了所有文库的 Read 总数，并确定每个文库 Read 总数所占的比例（每个文库的预期比例 = 1.04%）。全部 96 个文库都发生有效的簇生成，并且在两种仪器上都呈现近似预期的频率。

图 4：NEBNext 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物）以同等效率扩增文库

Next® 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物） |

用人源 NA19240 基因组 DNA（Coriell 研究所）为样本，使用 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7805）、Covaris 超声打断的 DNA 结合 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）、NEBNext 酶学转化法甲基化建库（EM-seq）试剂盒（NEB #E7120），或重亚硫酸盐转化 DNA 结合 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒，制备 96 个文库。使用 NEBNext Ultra II RNA 链特异性文库制备试剂盒（NEB #E7760），以通用人参考 RNA 为样本制备 96 个文库。使用 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物）对文库进行 PCR 扩增，生成包含独特 i5 和 i7 Index 的文库。使用 Agilent® TapeStation® 4200 对文库产量进行定量，并通过汇总全部 96 个文库的总产量和计算每个文库的占比进行标准化（每个文库的预期比例 = 1.04%）。每种文库制备方法的文库扩增效率都很稳健，而且全部 96 种 Unique Index 引物组合的效率都很一致。每根柱条代表至少 2 组平行重复实验的平均值。

图 5：利用 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1-4（96 种 Unique 双端 Index 引物）的 384 对引物扩增的文库在 Illumina NovaSeq™ 6000 上发生均匀的簇生成

Next® 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物） |

使用 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）和 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1-4（96 种 Unique 双端 Index 引物）制备的 384 个文库，以等摩尔浓度混合并用 Illumina NovaSeq® 6000 仪器测序。汇总了所有文库的 Read 总数，并确定每个文库 Read 总数所占的比例（每个文库的预期比例 = 0.26%）。全部 384 个文库都发生有效的簇生成，并且都呈现近似预期的频率。
产品类别:
NEBNext® Multiplex Oligos (Adaptors & Primers) Products,
Next Generation Sequencing Library Preparation Products

  • 试剂盒组成

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • E6442S     -20    
        NEBNext® Unique Dual Index Primer Set 2 E6443AVIAL -20 1 x 10 μl/well 10 µM
        USER® Enzyme E6610AVIAL -20 1 x 0.288 ml Not Applicable
        NEBNext® Adaptor for Illumina® E6612AVIAL -20 1 x 0.96 ml 15 µM
    • E6442L     -20    
        NEBNext® Unique Dual Index Primer Set 2 E6443AVIAL -20 4 x 10 μl/well 10 µM
        USER® Enzyme E6610AAVIAL -20 2 x 0.576 ml Not Applicable
        NEBNext® Adaptor for Illumina® E6612AVIAL -20 4 x 0.96 ml 15 µM

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Where can I find protocols for using NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (96 Unique Dual Index Primer Pairs)? (NEB #E6440, #E6442, #E6444, #E6446, #E6448)

  • 说明书

    产品说明书包含产品使用的详细信息、产品配方和质控分析。

    • manualE6442

  • 使用指南

    • E6442_UDI_IlluminaLRM
    • Forward Strand Workflow Sample Sheet for E6442: NovaSeq 6000 with v1.0 reagent kits, MiniSeq with Rapid reagent kits, MiSeq, HiSeq 2000/2500 (paired-end flow cell), HiSeq 3000/4000 (single-read flow cell)
    • Reverse Complement Workflow Sample Sheet for E6442: iSeq 100, MiniSeq with Standard reagent kits, NextSeq Systems, NovaSeq 6000 with v1.5 reagent kits, HiSeq 2000/2500 (single-read flow cell), HiSeq 3000/4000 (paired-end flow cell)

工具 & 资源

  • 选择指南

    • NEBNext® Multiplex Oligos Selection Chart

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. Are NEBNext adaptors and primers for Illumina validated in Next Generation Sequencing Workflows?
    2. What is the concentration of the adaptor and primers in the NEBNext Multiplex Oligos kits?
    3. Can I use the 96-well primer plate to do my PCR reactions?
    4. How many reactions worth of primer are in each well?
    5. Is the NEBNext adaptor methylated?
    6. Can I perform single read runs and still get both index sequences? Can I run both single read and paired-end recipes with dual-indexed libraries?
    7. Are dual indexed libraries compatible with single end sequencing?
    8. How many indices are available with NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (96 Unique Dual Index Primer Pairs) (NEB #E6440, E6442, E6444, E6446, and E6448)?
    9. Can the NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs) (NEB #E6440, #E6442, #E6444, #E6446, and #E6448) be used to address “index hopping” with Illumina patterned flow cells?
    10. Where can I find the sample sheets for these Multiplex Oligos?
    11. Which sets of NEBNext Unique Dual Index Primer Pairs can be combined in a single Illumina sequencing run?
    12. How do I use the NEB provided Sample Sheet for my specific instrument?
    13. What sequences need to be trimmed for NEBNext libraries that are sequenced on an Illumina instrument?

Next® 多样本接头引物试剂盒 4（96 种 Unique 双端 Index 引物） |NEB酶试剂 New England Biolabs

发表于由

上海金畔生物科技有限公司代理New England Biolabs（NEB）酶试剂全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

产品信息

NEBNext® 接头采用了一种新型的发卡环状结构，能以更高的效率连接末端经修复和加 dA 尾的 DNA 片段。环状结构 DNA 中包含一个 U，当 U 被 USER® 酶（UDG 和 Endo VIII 的混合物）切掉后，环状结构打开，使它可以成为 PCR 反应的底物。通过 NEBNext Index 引物在 PCR 步骤中引入 Barcode，从而有助于实现多重测序文库制备。此试剂盒包含 96 对预混合的独特的 i5 和 i7 Index 引物，封装在可穿透铝箔密封的一次性 96 孔板中。

NEBNext 接头引物可与 NEBNext 产品以及其它兼容 Illumina 平台的标准文库制备流程结合使用。

还提供双端 Barcode 引物（NEB #E7600、NEB #E7780），以及 12 种和 96 种单端 Index 引物（NEB #E7335、NEB #E7500、NEB #E7710、NEB #E7730、NEB #E6609）。也提供甲基化的 NEBNext 接头（NEB #E7535），可用于重亚硫酸盐测序流程。

流程：

NEBNext 接头专为 DNA、ChIP DNA 和 RNA（但不包括 Small RNA）文库制备而设计，能够实现高效的接头连接和高文库产量，并最大限度减少接头二聚体的形成。NEBNext 接头采用了一种新型的发卡环状结构，能以更高的效率连接末端经修复和加 dA 尾的 DNA 片段。环状结构 DNA 中包含一个 U，当 U 被 USER 酶（UDG 和核酸内切酶 Endo VIII 的混合物）切掉后，环状结构打开，使它可以成为 PCR 反应的底物。通过 NEBNext Index 引物在 PCR 步骤中引入 Barcode，从而有助于实现多重测序文库制备。此试剂盒包含 96 种预混合的 8 bp Index 引物，封装在可穿透铝箔密封的一次性 96 孔板中。

如需使用 384 种 Index 引物进行多重测序，请将此试剂盒与 NEB #E6440、NEB #E6442 和 NEB #E6444 结合使用。

图 1：NEBNext 多样本接头引物试剂盒 4（96 种 Unique 双端 Index 引物）实验流程

Next® 多样本接头引物试剂盒 4（96 种 Unique 双端 Index 引物） |

图 2：使用 NEBNext 接头和 Unique 双端 Index 引物可显著提高文库产量并最大限度减少接头二聚体

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以 100 ng 人源 NA19240 基因组 DNA（Coriell 研究所）为样本，用 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7805）制备 16 个文库。接头和引物来自 IDT® for Illumina -TruSeq® DNA UD Index（Illumina #20022370），或 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（96 种 Unique 双端 Index 引物）（NEB #E6440）。4 个 PCR 循环后，用 Agilent® TapeStation® 4000 定量文库。

A）使用 NEBNext 接头和 Unique 双端 Index 引物，以及其对应的实验流程制备的 8 个文库，平均文库产量提高了 60%。

B）根据 16 个文库的 TapeStation 检测结果，使用 IDT for Illumina 接头和引物制备文库产生了接头二聚体（橙色箭头所示），而用 NEBNext 接头和引物制备文库未产生接头二聚体，且文库的产量也更高。

图 3：使用 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 4（96 种 Unique 双端 Index 引物）扩增的文库在 Illumina NovaSeq™ 6000 上发生均匀的簇生成

Next® 多样本接头引物试剂盒 4（96 种 Unique 双端 Index 引物） |

使用 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）和 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 4（96 种 Unique 双端 Index 引物）制备的 96 个文库，以等摩尔浓度混合并用 Illumina MiSeq® 和 NovaSeq® 6000 仪器测序。汇总了所有文库的 Read 总数，并确定每个文库 Read 总数所占的比例（每个文库的预期比例 = 1.04%）。全部 96 个文库都发生有效的簇生成，并且在两种仪器上都呈现近似预期的频率。
图 4：NEBNext 多样本接头引物试剂盒 4（96 种 Unique 双端 Index 引物）以同等效率扩增文库

Next® 多样本接头引物试剂盒 4（96 种 Unique 双端 Index 引物） |

用人源 NA19240 基因组 DNA（Coriell 研究所）和 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7805）、Covaris 超声打断的 DNA 结合 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）、或重亚硫酸盐转化 DNA 结合 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒制备 96 个文库。使用 NEBNext Ultra II RNA 链特异性文库制备试剂盒（NEB #E7760），以通用人参考 RNA 为样本制备 96 个文库。使用 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 4（96 种 Unique 双端 Index 引物）对文库进行 PCR 扩增，生成包含独特 i5 和 i7 Index 的文库。使用 Agilent® TapeStation® 4200 对文库产量进行定量，并通过汇总全部 96 个文库的总产量和计算每个文库的占比进行标准化（每个文库的预期比例 = 1.04%）。每种文库制备方法的文库扩增效率都很稳健，而且全部 96 种 Unique Index 引物组合的效率都很一致。每根柱条代表至少 2 组平行重复实验的平均值。
图 5：利用 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1-4（96 种 Unique 双端 Index 引物）的 384 对引物扩增的文库在 Illumina NovaSeq™ 6000 上发生均匀的簇生成

Next® 多样本接头引物试剂盒 4（96 种 Unique 双端 Index 引物） |

使用 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）和 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1-4（96 种 Unique 双端 Index 引物）制备的 384 个文库，以等摩尔浓度混合并用 Illumina NovaSeq® 6000 仪器测序。汇总了所有文库的 Read 总数，并确定每个文库 Read 总数所占的比例（每个文库的预期比例 = 0.26%）。全部 384 个文库都发生有效的簇生成，并且都呈现近似预期的频率。
产品类别:
NEBNext® Multiplex Oligos (Adaptors & Primers) Products,
Next Generation Sequencing Library Preparation Products

  • 试剂盒组成

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • E6446S     -20    
        NEBNext® Adaptor for Illumina® E6612AVIAL -20 1 x 0.96 ml 15 µM
        USER® Enzyme E6610AVIAL -20 1 x 0.288 ml Not Applicable
        NEBNext® Unique Dual Index Primer Set 4 E6447AVIAL -20 1 x 10 μl/well 10 µM
    • E6446L     -20    
        NEBNext® Adaptor for Illumina® E6612AVIAL -20 4 x 0.96 ml 15 µM
        USER® Enzyme E6610AAVIAL -20 2 x 0.576 ml Not Applicable
        NEBNext® Unique Dual Index Primer Set 4 E6447AVIAL -20 4 x 10 μl/well 10 µM

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Where can I find protocols for using NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (96 Unique Dual Index Primer Pairs)? (NEB #E6440, #E6442, #E6444, #E6446, #E6448)

  • 说明书

    产品说明书包含产品使用的详细信息、产品配方和质控分析。

    • manualE6446

  • 使用指南

    • E6446_UDI_IlluminaLRM
    • Forward Strand Workflow Sample Sheet for E6446: NovaSeq 6000 with v1.0 reagent kits, MiniSeq with Rapid reagent kits, MiSeq, HiSeq 2000/2500 (paired-end flow cell), HiSeq 3000/4000 (single-read flow cell)
    • Reverse Complement Workflow Sample Sheet for E6446: iSeq 100, MiniSeq with Standard reagent kits, NextSeq Systems, NovaSeq 6000 with v1.5 reagent kits, HiSeq 2000/2500 (single-read flow cell), HiSeq 3000/4000 (paired-end flow cell)

工具 & 资源

  • 选择指南

    • NEBNext® Multiplex Oligos Selection Chart

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. Are NEBNext adaptors and primers for Illumina validated in Next Generation Sequencing Workflows?
    2. What is the concentration of the adaptor and primers in the NEBNext Multiplex Oligos kits?
    3. Can I use the 96-well primer plate to do my PCR reactions?
    4. How many reactions worth of primer are in each well?
    5. Is the NEBNext adaptor methylated?
    6. Can I perform single read runs and still get both index sequences? Can I run both single read and paired-end recipes with dual-indexed libraries?
    7. Are dual indexed libraries compatible with single end sequencing?
    8. How many indices are available with NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (96 Unique Dual Index Primer Pairs) (NEB #E6440, E6442, E6444, E6446, and E6448)?
    9. Can the NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs) (NEB #E6440, #E6442, #E6444, #E6446, and #E6448) be used to address “index hopping” with Illumina patterned flow cells?
    10. Do you have Sample Sheets for use with the NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (96 Unique Dual Index Primer Pairs Set 4)?
    11. What should I do if the sample sheet from the NEB.com website is not compatible with the software version I am using?
    12. Which sets of NEBNext Unique Dual Index Primer Pairs can be combined in a single Illumina sequencing run?
    13. What sequences need to be trimmed for NEBNext libraries that are sequenced on an Illumina instrument?