EpiMark® N6-甲基腺嘌呤富集试剂盒 |NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品信息

EpiMark N6-甲基腺嘌呤富集试剂盒含有 N6-甲基腺嘌呤（m6A）兔源单克隆抗体。该试剂盒包含两种对照 RNA：一种有 m6A 修饰（Gaussia 荧光素酶），一种没有 m6A 修饰（Cypridina 荧光素酶），用于监测富集和去除程度。GLuc RNA 对照在转录过程中掺入了 20% 的 m6ATP 和 80% 的 ATP。
该试剂盒可用于在免疫沉淀实验流程中富集经 m6A 修饰的 RNA，可用于 RNA 测序或 RT-qPCR 等下游分析。在片段化 RNA 样本中，经修饰的 RNA 可与 N6-甲基腺嘌呤抗体结合，从而被与抗体结合的 Protein G 磁珠富集。经过多轮洗涤和纯化步骤后，富集的 RNA 洗脱于无核酸酶水中，可用于进一步分析。

EpiMark® N6-甲基腺嘌呤富集试剂盒 |
图 1：实验流程

当起始量最多为 250 µg 去除核糖体的 RNA 或富集的 Poly A+ RNA 时，每个试剂盒包含的试剂足以进行 10 x 2 轮免疫沉淀。当起始量最多为 250 µg 总 RNA 时，试剂盒包含的试剂足以进行 5 x 2 轮免疫沉淀。

产品类别:
Methylome Analysis Products,
RNA Modification,
Next Generation Sequencing Library Preparation Products

  • 试剂盒组成

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • E1610S     -20    
        N6-Methyladenosine Antibody E1611AVIAL -20 1 x 0.02 ml 20 reactions
        m6A Control RNA N1611AVIAL -20 1 x 0.02 ml 100 nM
        Unmodified Control RNA N1612AVIAL -20 1 x 0.02 ml 100 nM

  • 特性和用法

    需要但不提供的材料

    反应缓冲液
    （150 mM NaCl、10 mM Tris-HCl、pH 7.5、0.1% NP-40，溶于无核酸酶水）

    低盐反应缓冲液
    （50 mM NaCl、10 mM Tris-HCl、pH 7.5、0.1% NP-40，溶于无核酸酶水）

    高盐反应缓冲液
    （500 mM NaCl、10 mM Tris-HCl、pH 7.5、0.1% NP-40，溶于无核酸酶水）

    Protein G 磁珠（NEB #S1430）

    用于磁珠分离的磁力架（NEB #S1506 或 #S1509）

    Dynabeads® MyOne™ Silane（Life Technologies #37002D）

    Buffer RLT（Qiagen #79216）

    100% 乙醇

    70% 乙醇

    Eppendorf® RNA/DNA LoBind 微量离心管（Sigma catalog #Z666548）或同等产品

    无 RNase 移液枪吸头

    无粉手套

    无核酸酶水

    可选材料
    对照 RNA 扩增用引物：
    GLuc 正向引物 = 5´- CGACATTCCTGAGATTCCTGG – 3´
    GLuc 反向引物 = 5´- TTGAGCAGGTCAGAACACTG – 3´
    CLuc 正向引物 = 5´- GCTTCAACATCACCGTCATTG – 3´
    CLuc 反向引物 = 5´- CACAGAGGCCAGAGATCATTC – 3´

    ProtoScript® II cDNA 第一链合成试剂盒（NEB #E6560）

    Bio-Rad iTaq™ Universal SYBR® Green Supermix（#172-5120）

    384 孔 PCR 板（Bio-Rad #HSP-3805）
     
    光学封板膜（Bio-Rad #MSB-1001）

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    • NEBNext® RNA Mg++ 片段化模块

  • 参考文献

    1. Schwartz, S. et al. (2013). Cell. 155, 1409-1421. PubMedID: 24269006
    2. Slobodin, B. et al. (2017). Cell. 169, Issue 2, 326–337. PubMedID: 28388414,

操作说明、说明书 & 用法

  • 说明书

    产品说明书包含产品使用的详细信息、产品配方和质控分析。

    • manualE1610

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. How much of the control RNAs should I use if I want to spike them into my sample?
    2. Will the antibody bind m6A-containing DNA?
    3. What is the protein concentration of the N6-Methyladenosine Antibody?
    4. I did not get enough yield of RNA for my downstream application after two rounds of IP. How do I increase the yield?
    5. What method do you recommend for RNA fragmentation?