Next® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA） |NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品信息

NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA）经过精心设计，能够实现更精简、信息更丰富的 NGS 多重检测，在单个分子水平上跟踪测序反应，以及通过生物信息分析移除错误分配的 read 来获得最佳准确度。这些 Index 接头包含一对 Unique 双端 Index（i5 和 i7）和一个 UMI 序列，使得生成的文库可以在 PCR 或 PCR-free 的情况下均可进行多重检测。试剂盒提供 96 个独特的、预混的含有 UMI 的接头引物，包装在一个一次性的密封着可穿刺的铝箔封板膜 96 孔板中。通用引物混合液以独立包装提供。

按照文库制备试剂盒手册中的操作说明进行操作，即可简单便捷地将 UMI 接头 DNA 试剂盒 1 与 NEBNext DNA 文库制备试剂盒结合起来使用。无论选择文库制备试剂盒还是模块，都可以快速找到正确的使用手册：

  • NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645 或 NEB #E7103）
  • NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶（NEB #E7805 或 NEB #E6177）
  • NEBNext Ultra II 连接模块（NEB #E7595）

NEBNext 系列多样本接头引物试剂盒可用于 NEBNext 样品制备或其它兼容 Illumina 平台的标准文库制备流程。此外还提供用于 RNA 测序的含 UMI 接头的 Index 引物（NEB #E7416）。对于无需 UMI 的多重检测，NEBNext 提供了多种选择来提高灵活性，包括 Unique 双端 Index 引物（NEB #6440、NEB #6442、NEB #E6444 和 NEB #E6446）、双端 Index 引物（NEB #E7600 和 NEB #E7780）、单端引物（12 种和 96 种 Index 引物；NEB #E7335、NEB #E7500、NEB #E7710、NEB #E7730、NEB #E6609），以及适用于 EM-seq™ 和重亚硫酸盐测序（NEB #E7140）的引物。

图 1：NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA）实验流程

Next® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA） | 

图 2：NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA）可实现更高的连接效率。

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A) 以 100、250 和 500 ng 的人细胞系 NA19240 基因组 DNA（Coriell 生物医学研究所）为起始样本，使用图中相应供应商提供的 Unique 双端 Index 引物接头和 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E6177）制备文库，不进行 PCR 扩增。连接后，使用 SPRIselect 磁珠进行两轮纯化，并使用 NEBNext 文库定量试剂盒（NEB #E7630）对文库进行定量。B) 以 100 ng NA19240 基因组 DNA 为起始样本，使用 Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒在 96 孔板中制备 90 个文库，供应商提供的 30 个接头引物如图所示，不进行 PCR 扩增。两轮磁珠纯化后，进行 qPCR 定量。

图 3：NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA）可更灵敏地检测低频变异。

Next® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA） |

AcroMetrix 肿瘤 Hotspot Control DNA（Thermo Scientific® #969056）作为突变 DNA 源（> 500 个突变，等位基因频率为 5-35%），以不同比例与 NA19240 基因组 DNA 混合，产生一系列不同的等位基因频率。使用 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）和 NEBNext Unique 双端 Index UMI 接头制备文库，并使用 Twist Bioscience® 的 152 个基因的定制 panel 对所有样本进行多重杂交捕获。使用 Illumina NovaSeq® 对文库进行测序，Read 被降采样至 1.1 亿，并使用 BWA MEM（0.7.17）比对至 hg38。在不使用 UMI 序列或构建 UMI 共有序列（Fgbio 0.8.1）的情况下，使用 MarkDuplicates（Picard 2.20.6）分析比对的 read。使用 Strelka2（2.9.10）从最终 BAM 文件中分析体细胞突变。（A）当使用 UMIs 删除重复序列，所得的 SNV 总数和正确的数量都增加。（B）用 UMI 进行共有序列比较，能提高检测灵敏度。等位基因频率越低，UMIs 在 SNV 检测中的优势就越大。
产品类别:
NEBNext® Multiplex Oligos (Adaptors & Primers) Products,
Next Generation Sequencing Library Preparation Products

  • 试剂盒组成

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • E7395S     -20    
        NEBNext® UMI DNA Adaptor Plate E7396AVIAL -20 1 x 2.5 μl/well Not Applicable
        NEBNext® Primer Mix E7397AVIAL -20 1 x 0.48 ml Not Applicable
        NEBNext® UMI Adaptor Dilution Buffer E7398AVIAL -20 2 x 2.5 ml Not Applicable
    • E7395L     -20    
        NEBNext® UMI DNA Adaptor Plate E7396AVIAL -20 4 x 2.5 μl/well Not Applicable
        NEBNext® Primer Mix E7397AAVIAL -20 2 x 0.96 ml Not Applicable
        NEBNext® UMI Adaptor Dilution Buffer E7398AAVIAL -20 1 x 20 ml Not Applicable

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Where can I find protocols for using NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4 (NEB #E7395, #E7874, #E7876, #E7878) with NEBNext Ultra II reagents?

  • 说明书

    产品说明书包含产品使用的详细信息、产品配方和质控分析。

    • manualE7395_E7874_E7876_E7878
    • manualE6177_E7805 w UMI Adaptors DNA
    • manualE7103_E7645 w UMI Adaptors DNA
    • manualE7595 w UMI Adaptors DNA

  • 使用指南

    • E7395_UMI_IlluminaLRM
    • Forward Strand Workflow Sample Sheet for E7395 UMI: NovaSeq 6000 with v1.0 reagent kits, MiniSeq with Rapid reagent kits, MiSeq, HiSeq 2000/2500 (paired-end flow cell), HiSeq 3000/4000 (single-read flow cell)
    • Forward Strand Workflow Sample Sheet for E7395: NovaSeq 6000 with v1.0 reagent kits, MiniSeq with Rapid reagent kits, MiSeq, HiSeq 2000/2500 (paired-end flow cell), HiSeq 3000/4000 (single-read flow cell)
    • Reverse Complement Workflow Sample Sheet for E7395 UMI: iSeq 100, MiniSeq with Standard reagent kits, NextSeq Systems, NovaSeq 6000 with v1.5 reagent kits, HiSeq 2000/2500 (single-read flow cell), HiSeq 3000/4000 (paired-end flow cell)
    • Reverse Complement Workflow Sample Sheet for E7395: iSeq 100, MiniSeq with Standard reagent kits, NextSeq Systems, NovaSeq 6000 with v1.5 reagent kits, HiSeq 2000/2500 (single-read flow cell), HiSeq 3000/4000 (paired-end flow cell)

工具 & 资源

  • 选择指南

    • NEBNext® Multiplex Oligos Selection Chart

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. What is the difference between NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors and NEBNext Adaptors for use with multiplex primers?
    2. What are the main applications for the NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4?
    3. How long are the UMIs and where are they on the adaptors?
    4. How are UMIs sequenced, and where can I find them?
    5. Can I skip UMI sequencing if I don’t need the UMIs for my applications?
    6. Are the NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4 compatible with NEBNext reagents for Illumina library preparation?
    7. Are the NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4 compatible with commercially available library prep reagents?
    8. How many reactions worth of the UMI adaptors are in each well?
    9. Are the adaptors methylated?
    10. What is the concentration of the adaptors and PCR primer mix in the NEBNext Multiplex Oligos (Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4)?
    11. How many indices are available with NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets1-4)? 
    12. Are the NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4 validated in next generation sequencing workflows?
    13. Are the NEBNext UMI Adaptors compatible with single-end and paired-end sequencing?
    14. Do I need to spike in custom sequencing primers when sequencing libraries made with NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4) on the Illumina platforms? 
    15. Can I perform single read runs and still get both index sequences? Can I run both single read and paired-end recipes with dual-indexed libraries?
    16. Where can I find the sample sheets for the NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4?
    17. What sequences need to be trimmed for NEBNext libraries that are sequenced on an Illumina instrument?