Next® 微生物 DNA 富集试剂盒 |NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品信息

Next® 微生物 DNA 富集试剂盒 |

 

人类 DNA 中的 4 – 6% 胞嘧啶会经过甲基化，且其中 60 – 90% 的甲基化胞嘧啶位于 CpG 位点（1,2）。与之相比，微生物很少在 CpG 位点存在甲基化。NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒是基于磁珠的方法，可简单快速地选择性结合及去除 CpG-甲基化的宿主 DNA。该方法采用 MBD2-Fc 蛋白，该蛋白由甲基化 CpG 的特异性结合蛋白 MBD2 与人类 IgG 的 Fc 片段融合组成。Fc 片段可结合 Protein A，从而可与 Protein A 结合磁珠高效结合。此蛋白的 MBD2 结构域能特异、紧密地结合 CpG 甲基化 的 DNA。利用磁场可在上清液中提取出 CpG 甲基化（真核生物）DNA，从而留下非 CpG 甲基化（微生物）DNA（3）。如有需要，我们也提供了洗脱磁珠沉淀上捕获的宿主 DNA 的操作流程。

NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒适用于多种样品类型，包括高水平残留宿主 DNA 样本（3,4），还能从真核生物的细胞核 DNA 高效分离细胞器 DNA（5）（例如线粒体、叶绿体）。该试剂盒与下游多项应用兼容，包括所有平台上的二代测序、qPCR 和终点 PCR。


图 1：分离工作流程
Next® 微生物 DNA 富集试剂盒 |
唾液微生物 DNA 的富集
Next® 微生物 DNA 富集试剂盒 |
人类唾液 DNA 样品混合后纯化（创新研究），使用 NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒进一步富集。从未富集和经富集的样本制备文库，并在 SOLiD 4 平台上进行测序。该图表显示了与人类参考序列（hg19）或在人类口腔微生物组数据库（HOMD）[1] 中列出的某个微生物匹配的 500M-537M SOLiD4 50 bp Reads 百分比。（由于 HOMD 的数据并不全面，富集样本中约 80% 的 Reads 与两个数据库都不匹配。） 使用 Bowtie 0.12.7 的典型参数设置 [2] 比对 Reads（28 bp 种子区中的 2 个错配等）。
样品经 NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒富集后，仍保持其微生物的多样性
Next® 微生物 DNA 富集试剂盒 |
人类唾液 DNA 样品混合后纯化（创新研究），使用 NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒进一步富集。从未富集和经富集的样本制备文库，然后在 SOLiD 4 平台上进行测序。该图表显示在使用 NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒进行富集前后，HOMD[1] 中列出的每个菌属的相对丰度对比。丰度从比对到每个菌属的 Reads 数推断得出，作为匹配到 HOMD 的所有 Reads 的百分比。丰度极低的菌属也会保持较高的一致性（见插图）。我们将经富集的数据的 501M 50 bp SOliD4 Reads 与未富集的数据的 537M 50 bp SOLiD4 Reads 进行了比较。使用 Bowtie 0.12.7 的典型参数设置 [2] 比对 Reads（28 bp 种子区中的 2 个错配等）。
* 浅黄奈瑟氏菌——此生物可能拥有特殊的甲基化密度，使其可以在低水平时仍与富集磁珠结合。其它出现的奈瑟氏菌属（粘液奈瑟菌、干燥奈瑟菌和长奈瑟菌）并未展现此异常富集特征。

 
每个试剂盒提供足量试剂，可从包含微生物或病毒 DNA 的混合池中有效分离出 CpG 甲基化 DNA。如果每次实验的 DNA 起始量为 1 μg，提供的试剂足以进行最多 6 次反应（NEB #E2612S）和 24 次反应（NEB #E2612L）。所有试剂应在 -20℃ 条件下贮存。

框 1：在 -20℃ 条件下贮存。
框 2：在 4℃ 条件下贮存。不得冷冻。


产品类别:
Microbiome DNA Enrichment Products,
Next Generation Sequencing Library Preparation Products

  • 试剂盒组成

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • E2612S     Multi-temperature    
        NEBNext® Microbiome DNA Enrichment Kit E2612-1 -20    
        NEBNext MBD2-Fc Protein E2614AVIAL -20 1 x 0.1 ml Not Applicable
        NEBNext Bind/wash Buffer E2616AVIAL -20 1 x 12 ml 5 X
        16s rRNA Universal Gene Bacteria Control Primers E2618AVIAL -20 1 x 0.012 ml Not Applicable
        RPL30 Human DNA Control Primers E2619AVIAL -20 1 x 0.012 ml Not Applicable
        NEBNext® Microbiome DNA Enrichment Kit E2612-2 4    
        NEBNext Protein A Magnetic Beads E2615AVIAL 4 1 x 1 ml Not Applicable
    • E2612L     Multi-temperature    
        NEBNext® Microbiome DNA Enrichment Kit E2612-3 -20    
        NEBNext MBD2-Fc Protein E2614AAVIAL -20 1 x 0.4 ml Not Applicable
        NEBNext Bind/wash Buffer E2616AAVIAL -20 1 x 48 ml 5 X
        16s rRNA Universal Gene Bacteria Control Primers E2618AAVIAL -20 1 x 0.048 ml Not Applicable
        RPL30 Human DNA Control Primers E2619AAVIAL -20 1 x 0.048 ml Not Applicable
        NEBNext® Microbiome DNA Enrichment Kit E2612-4 4    
        NEBNext Protein A Magnetic Beads E2615AAVIAL 4 1 x 4 ml Not Applicable

  • 特性和用法

    需要但不提供的材料

    • λ DNA-HindIII 消化（NEB #N3012）
    • 6 孔磁性分离架（NEB #S1506）
    • 6X 蓝色凝胶上样染料（NEB #B7021）
    • 无核酸酶水
    • 0.8% 琼脂糖凝胶
    • 1X TE 缓冲液，pH 7.5
    • Agencourt® AMPure® XP Beads（贝克曼库尔特公司 #A63881）或 Beckman SPRIselect 试剂盒（贝克曼库尔特公司 #B23317）
    • 100% 乙醇，用于乙醇沉淀，
    • 80% 乙醇，用于 AMPure XP 或 SPRIselect
    • DNA 低吸附微型离心管
    • 旋转式混匀器
    • 凝胶电泳设备
    • 加热块或温控混匀仪
    • 微型离心机
    • 蛋白酶 K，分子生物学级（可选；用于洗脱捕获的宿主 DNA ）（NEB #P8107）

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  • 参考文献

    1. Lister, et al. (2009). Nature. 462, 315-322.
    2. Tucker, K.L. (2001). Neuron. 30, 649-652.
    3. Feehery, G. R. et al. (2013). PLoS One. 8(10):e76096.,
    4. Zheng, Z. (2014). Genome Announcements. 2(2):e00273–14.,
    5. Yigit, E. et al. (2014). Appl. Plant Sci. 2 (11), 1400064.

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Protocol for use with NEBNext Microbiome DNA Enrichment (E2612)

  • 说明书

    产品说明书包含产品使用的详细信息、产品配方和质控分析。

    • manualE2612

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. Can I incubate the DNA input sample with the MBD2-Fc-bound beads for a longer period of time?
    2. How important is the MBD2-Fc bead to DNA ratio?
    3. What is the maximum volume of input DNA that I can use per reaction?
    4. Will the procedure work on degraded DNA?
    5. What is the best method for purifying the DNA after the enrichment?
    6. If my sample DNA is particularly degraded, as is the case with fecal microbiome samples, are there any protocol modifications that will enhance the performance of the NEBNext Microbiome DNA Enrichment Kit with these samples?