Next® 高起始量 Poly(A) mRNA 分离模块 |NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品信息

NEBNext 高起始量 Poly(A) mRNA 磁性分离模块，可从先前分离的高起始量（每 0.2 ml 反应体系 5 – 50 µg）总 RNA 中分离出完整 poly(A)+ RNA。此技术的原理是将 Oligo d(T)25 与顺磁性磁珠偶联，再以此为固相支持物直接结合 poly(A)+ RNA。此方法支持手动处理多个样品，并可适用于自动化高通量分离。此外，磁性分离技术可得到较小体积的完整 mRNA 洗脱液，不需要再从洗脱液中沉淀 poly(A)+ RNA。因而约在一小时内就能分离得到体现原始样品中 mRNA 分布特性的完整 poly(A)+ RNA。

对于小于 5 µg 的起始量，推荐使用 NEBNext® Poly(A) mRNA 磁性分离模块（NEB #E7490）。

图 1：NEBNext 高起始量 Poly(A) mRNA 分离模块在较宽的起始量范围内展现一致的分离能力

Next® 高起始量 Poly(A) mRNA 分离模块 |

A.使用 NEBNext 高起始量 Poly(A) mRNA 分离模块富集 Poly(A) RNA，样本为 50 μg 或 5 μg 总通用人类参考（UHR）RNA（Agilent®），包含外部 RNA 控制联合体（External RNA Controls Consortium，ERCC）RNA 和 Spike-In RNA 变体（SIRV Set 4，Lexogen®）。使用 Qubit® RNA 高灵敏度检测试剂盒（Invitrogen®）评估总产量。Poly(A) RNA 通常占总 RNA 的 1% 到 5%。
B.使用 Bioanalyzer®（Agilent）从 50 μg 或 5 μg 起始量的总 RNA 中检测总 UHR RNA 和通过 poly(A) 富集的 RNA。
C.使用 NEBNext Ultra™ II 链特异性文库制备试剂盒，以 40 ng（50 μg 起始量）或 8 ng（5 μg 起始量）poly(A) 富集得到的 RNA 制备文库，再在 Illumina® NextSeq® 550 测序仪上测定转录本丰度并测序。从每个文库中抽取 600 万条 reads。

 
 

图 2：NEBNext 高起始量 Poly(A) mRNA 分离模块在多种样品上展现出较低的核糖体 RNA 滞留率

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使用 Dynabeads® mRNA 纯化试剂盒（Invitrogen）、Poly(A) Purist™ MAG（Invitrogen）或 NEBNext 高起始量 Poly(A) mRNA 磁性分离模块，从 50 μg 通用人类参考（UHR、Agilent） RNA，或者通过 Monarch 总 RNA 小量提取试剂盒® 从小鼠肾组织或酒酿酵母（酵母）提取的 RNA 中富集 Poly(A) RNA。
A.总 RNA 和 poly(A) 富集得到的 RNA 的 Bioanalyzer 分析结果。
B.通过三组平行实验（UHR 和小鼠 poly(A) 样品）或两组平行实验（总 RNA 和酵母 poly(A) RNA 样品）的测序结果，测定总 RNA 或 poly(A) 富集的 RNA 样品中核糖体 RNA（rRNA）的百分比，含标准偏差。C.使用 NEBNext Ultra™ II 链特异性文库制备试剂盒，以 40 ng poly(A) 富集的 RNA 制备文库，并在 Illumina NextSeq 550 测序仪上进行测序。从每个文库中抽取 600 万条 reads。

 
 

图 3：NEBNext 高起始量 Poly(A) mRNA 分离模块制备的 RNA 在 Nanopore 测序中产生更高产量的文库，并具有良好的 read 比对结果

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400 ng 使用所述方法通过 poly(A) 富集得到的通用人类参考（UHR）RNA，用于在 GridION® 测序仪（Oxford Nanopore Technologies®）上进行直接 RNA 测序（ONT #SQK-RNA002）。100 ng 使用所述方法通过 poly(A) 富集得到的 UHR RNA，用于在 GridION 测序仪（ONT #SQK-DCS109）上进行直接 cDNA 测序。
A.使用 Qubit dsDNA 高灵敏度检测试剂盒（Invitrogen）评估文库产量；图中展示的是含标准偏差的重复实验的平均值。
B.直接 RNA 测序和直接 cDNA 测序重复实验得出的平均 reads 比对百分比，含标准偏差。

 
 

图 4：NEBNext 高起始量 Poly(A) mRNA 分离模块可生产高质量 poly(A) mRNA 用于直接 RNA 测序和直接 cDNA 测序

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使用 NEBNext 高起始量 Poly(A) mRNA 分离模块，通过 poly(A) 富集得到的 UHR RNA 用于制备文库，再在 Oxford Nanopore Technologies 测序仪上对文库进行直接 RNA 测序（图 A）和直接 cDNA 测序（图 B），测得前一千个转录本的 5´➝3´ 转录本覆盖度。
 
产品类别:
Next Generation Sequencing Library Preparation Products

  • 试剂盒组成

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • E3370S     4    
        NEBNext RNA Binding Buffer (2X) E7492AVIAL 4 1 x 7.2 ml Not Applicable
        NEBNext Wash Buffer E7493AVIAL 4 1 x 28.8 ml Not Applicable
        Nuclease-free Water E7495AVIAL 4 1 x 1.2 ml Not Applicable
        NEBNext Tris Buffer E7496AVIAL 4 1 x 6 ml Not Applicable
        NEBNext® High Input Oligo d(T)25 Beads E3371AVIAL 4 1 x 0.48 ml Not Applicable

  • 优势和特性

    Features

    • 高起始量：5 – 50 µg 总 RNA（无 DNA）
    • 较小体积的洗脱液
    • 快速的实验流程
    • 适合自动化操作

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操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Where can I find guidelines and protocols for using the NEBNext High Input Poly A mRNA Isolation Module (NEB #E3370)?

  • 说明书

    产品说明书包含产品使用的详细信息、产品配方和质控分析。

    • manualE3370

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. Can I isolate poly(A) mRNA directly from tissue lysis, using the NEBNext® High Input Poly(A) mRNA Isolation Module?
    2. Do I need to perform two rounds of binding?
    3. Can I use the NEBNext® High Input Poly(A) mRNA Isolation Module with total RNA inputs higher than 50 µg? What about lower inputs?
    4. Can the RNA be eluted with water?