Next® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒 |NEB酶试剂 New England Biolabs

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上海金畔生物科技有限公司代理New England Biolabs（NEB）酶试剂全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

产品信息

Next® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒 |

Ultra II DNA 文库制备试剂盒能够用更低起始量的 DNA 构建高质量的文库。文库制备每一个步骤中的试剂都经过优化，能够从 500 pg 至 1 μg 的起始 DNA 高效构建高质量的文库。新一代 NEBNext 试剂采用快速、精简、自动化的实验流程，在降低 PCR 循环数的同时提高了 GC 覆盖度。本试剂盒与 PCR-free 实验流程兼容，且对于难以建库的样本，如 FFPE 样本，也有很好的效果。

现可选择订购含 SPRIselect® 磁珠的产品，磁珠用于纯化和片段筛选步骤。

优势

  • 更高的文库产量，满足更多实验所需
  • 即使是起始量极低的 DNA 样本，依然可以制备高质量文库，最低起始量可低至 500 pg。
  • 各种类型的 DNA 样本均可制备文库，包括高 GC 含量的靶标 和 FFPE DNA 样本
  • 提高靶向富集应用的产量和质量
  • 流程化的操作设计、减少手动操作时间，与自动化兼容，试剂盒或模块提供了选择的便利

了解更多有关 NEBNext Ultra II 如何解决较低起始量和复杂类型样本的问题，请下载我们的技术说明。

如果与 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA）（NEB #E7395）组合使用，请参阅“操作说明”选项卡以了解适用 UMI 接头的特定操作指南。

NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒对于不同起始量 DNA 均可实现最高的文库产量和转化率

Next® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒 |
A：以人 NA19240 基因组 DNA 为样本制备文库，起始量和 PCR 循环数如图所示。文库制备按照生产商推荐的方法进行，但省略了片段筛选步骤。

B：以人 NA19240 基因组 DNA 为样本制备文库，起始量和制备试剂盒如图所示，文库制备按照生产商推荐方法进行，不进行扩增步骤。接头连接的分子用 qPCR 进行定量，定量的结果以 Ultra II 的转化率为基准进行标准化处理。对于不同起始量 DNA，Ultra II 试剂盒均能得到最高的接头连接分子转化率。


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对于不同 GC 含量和起始量的微生物基因组 DNA，NEBNext Ultra II 文库制备试剂盒能获得均一的 GC 覆盖度

Next® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒 |
以 500 pg、1 ng 和 100 ng 基因组 DNA 为起始样本，使用 Ultra II DNA 文库制备试剂盒进行建库后，通过 Illumina MiSeq® 测序。使用 Bowtie 2.2.4 将 reads 进行比对，并使用 Picard’s CollectGCBiasMetrics（v1.117）计算 GC 覆盖度。预期的标准化覆盖度（1.0）以灰色水平线表示，不同 GC% 中 100 bp 区域的数量以灰色条形图显示，不同颜色折线图表示标准化后的文库覆盖度。

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NEBNext Ultra II 可在 PCR-free 实验流程中实现卓越的产量

Next® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒 |
以 100 ng 人 NA19240 基因组 DNA 为样本制备文库，文库制备试剂盒如图所示，文库制备按照生产商推荐方法进行，不进行扩增步骤。使用 NEBNext 文库定量试剂盒（Illumina）通过 qPCR 测定文库产量。NEBNext Ultra II 文库制备试剂盒的产量最高。


NEBNext Ultra II 文库可在 PCR-free 实验流程中获得最高质量的测序数据

文库制备试剂盒 总 READ 数 % DUPLICATION % MAPPED % CHIMERAS
Ultra II 3,685,029 0.02 97.00 1.10
Kapa Hyper 3,679,136 0.02 97.00 2.00
TruSeq PCR-Free 3,681,643 0.05 96.65 1.38

文库制备按照生产商推荐方法进行，不进行扩增步骤，文库制备试剂盒如图所示，以 100 ng 人 NA19240 基因组 DNA 为样本制备 PCR-free 文库。文库通过 Illumina NextSeq 500 进行测序。使用 Bowtie 2.2.4 将 read 与 GRCh37 参考基因组进行比对。数据表明，即使在低起始量情况下，NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒也能在 PCR-free 实验流程中获得高质量的测序数据。

% Mapped：比对到人 GRCh37 参考基因组上的 read 百分比。
% Duplication：标记为重复的 read 百分比。
% Chimeras：比对到最大插入片段以外或两端比对到不同染色体上的 read 百分比。

NEBNext Ultra II 能够利用 FFPE DNA 样本构建高质量文库

FFPE DNA DNA 起始量（ng） 文库产量（ng） % MAPPED % MAPPED IN PAIRS % DUPLICATION % CHIMERAS
肾肿瘤 17 132 91.5 96.1 0.48 3.0
肺肿瘤 20 232 90.1 94.9 0.42 4.1
正常肝脏 20 691 92.6 94.7 0.33 8.6
乳腺肿瘤 30 514 91.9 95.1 0.37 4.5

从表中所列 FFPE 组织样本中提取 17 – 30 ng 人 DNA 制备文库，选用 10 个 PCR 循环进行扩增，文库通过 Illumina MiSeq 测序。

使用 Bowtie 2.2.4 将 read 与 GRCh37 参考基因组进行比对。
% Mapped：比对到人 GRCh37 参考基因组上的 read 百分比。
% Mapped in Pairs：mate pair 也能比对到参考基因组上的 read 百分比。
% Duplication：标记为重复的 read 百分比。
% Chimeras：比对到最大插入片段以外或两端比对到不同染色体上的 read 百分比。

数据表明，即使在低 FFPE DNA 起始量情况下，NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒也能获得高质量的测序数据。

查看更多 FFPE DNA 样本的相关数据

NEBNext Ultra II 可在靶向富集应用中实现卓越产量。

Next® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒 |

当用 Nimblegen® 进行靶向富集时，首先以 100 ng 人 HG02922 基因组 DNA 为起始样本，分别用 NEBNext Ultra II 文库制备试剂盒及 NEBNext 接头引物，或 Kapa 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）及 SeqCap® 接头试剂盒（Roche）制备文库。然后用 NimbleGen SeqCap Human Exome v3 试剂盒进行靶向富集。

当用 SureSelectXT 进行靶向富集时，首先以 200 ng 人 HG02922 基因组 DNA 为起始样本，分别用 NEBNext Ultra II 文库制备试剂盒及 NEBNext 接头引物、Kapa Hyper 文库制备试剂盒及 NEBNext 接头引物，或 SureSelectXT 试剂盒（适用于 Illumina 平台）搭配 Herculase®II Fusion DNA 聚合酶制备文库。然后用 SureSelect® Human All Exon V6 试剂盒进行靶向富集。

按照生产商推荐方法进行操作，包括捕获前后推荐的 PCR 循环数。NEBNext Ultra II 文库在两种富集流程中均可实现最高的捕获后产量。

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批次质控

所提供的单独批次均通过额外功能验证。单个试剂通过标准酶活性和质控分析，并同时满足各单独组分页面列出的严格的附加质控标准

产品类别:
DNA Library Prep for Illumina

  • 试剂盒组成

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • E7645S     -20    
        NEBNext® Ultra II End Prep Enzyme Mix E7646AVIAL -20 1 x 0.072 ml Not Applicable
        NEBNext® Ultra II End Prep Reaction Buffer E7647AVIAL -20 1 x 0.168 ml Not Applicable
        NEBNext® Ultra™ II Ligation Master Mix E7648AVIAL -20 1 x 0.72 ml Not Applicable
        NEBNext® Ligation Enhancer E7374AVIAL -20 1 x 0.024 ml Not Applicable
        NEBNext® Ultra II Q5® Master Mix E7649AVIAL -20 1 x 0.6 ml Not Applicable
    • E7645L     -20    
        NEBNext® Ultra II End Prep Enzyme Mix E7646AAVIAL -20 1 x 0.288 ml Not Applicable
        NEBNext® Ultra II End Prep Reaction Buffer E7647AAVIAL -20 1 x 0.672 ml Not Applicable
        NEBNext® Ultra™ II Ligation Master Mix E7648AAVIAL -20 3 x 0.96 ml Not Applicable
        NEBNext® Ligation Enhancer E7374AAVIAL -20 1 x 0.096 ml Not Applicable
        NEBNext® Ultra II Q5® Master Mix E7649AAVIAL -20 2 x 1.2 ml Not Applicable

  • 特性和用法

    需要但不提供的材料

    • 80% 乙醇（新鲜配制）
    • 无核酶水
    • 0.1X TE（1 mM Tris-HCl，pH 8.0，0.1 mM EDTA）
    • DNA LoBind 管（Eppendorf #022431021）
    • NEBNext 单样本或多样本接头引物试剂盒（NEB #E7350、#E7335、#E7500、#E7600、#E6609、#E7710 或 #E7730）
    • 磁力架或磁力板（例如：NEBNext® 磁性分离架，NEB #S1515S；Alpaqua ® 96S 超磁性分离板，#A001322；或同等器材）
    • PCR 仪

    仅用于 NEB #E7645：

    • SPRIselect® 试剂盒（Beckman Coulter, #B23317）或 AMPure® XP Beads（Beckman Coulter, #A63881）

    可选：

    • 10 mM Tris-HCl，pH 8.0 或
    • Tris/NaCl，pH 8.0（10 mM Tris，10 mM NaCl）
      （当 DNA 起始量 ≤ 100 ng 时，用于接头稀释）

操作说明、说明书 & 用法

  • 说明书

    产品说明书包含产品使用的详细信息、产品配方和质控分析。

    • manualE7103-E7645

  • 应用实例

    • Improved Library Preparation with NEBNext® Ultra™ II DNA Library Prep Kit for Illumina®

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. For what type of sample prep/library construction can I use the NEBNext Ultra II DNA Library Prep kit for Illumina?
    2. What type and how much starting material do I need to use when preparing libraries using the NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina?
    3. Is size selection required and what is the recommended method?
    4. Can I use the NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina reagents for preparing libraries for sequencing on the Ion Torrent PGM or Proton?
    5. Are these reagents available in a customized format, larger format or 96 well formats?
    6. How do I know the concentration of my index primers? 
    7. Which NEBNext Oligos can be used with this library prep kit?
    8. Can I use this NEBNext kit with adaptors and primers from other vendors than NEB?
    9. What do I do if I see a precipitate in the Ultra II End Prep Reaction Buffer?

  • 问题解决指南

    • Troubleshooting Guide for NEBNext® Ultra™ II and Ultra DNA Library Prep kits