Next® Ultra™ II FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶 |NEB酶试剂 New England Biolabs

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上海金畔生物科技有限公司代理New England Biolabs（NEB）酶试剂全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

产品信息

NEBNext® Ultra™ II FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶提供片段化系统：为 DNA 片段化和建库提供快速可靠的解决方案。全新的 DNA 片段化试剂，将 DNA 片段化、末端修复和加 dA 尾优化到一步，可在单管中完成，省去了繁琐的纯化步骤，防止样品损失。无论起始量（100 pg – 500 ng）或 GC 含量如何，均可采用相同的片段化操作流程。该试剂盒还包含：适用于接头连接的 NEBNext Ultra II 连接酶预混液；用于实现均一的、超保真文库扩增的 NEBNext Ultra II Q5® 预混液。请注意，接头和引物未随试剂盒提供，须单独购买。

针对包含重亚硫酸盐处理的 DNA 建库方案，推荐使用 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒。

特性：

  • 使用同一种酶混合物即可完成 DNA 片段化、末端修复和加 dA 尾三个步骤
  • 不同起始量或 GC 含量的 DNA 样本，均可使用相同的片段化操作流程
  • DNA 起始量范围：100 pg – 500 ng
  • 起始 DNA 可溶于水或标准缓冲液（Tris 或 TE）
  • 工作流程：全程约 2.5 小时，实际手动操作时间 < 15 分钟

在我们的技术说明中下载更多的性能数据。
 
也可选择提供 SPRIselect® 磁珠的产品，用于片段筛选/纯化步骤

如果与 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 Index 引物，UMI 接头，适用于 DNA）（NEB #E7395）组合使用，请参阅“操作说明”选项卡以了解 UMI 接头特定操作指南。
 
 

图 1：使用 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒对不同起始量 DNA 进行建库，均能得到最高的文库产量
Next® Ultra™ II FS DNA 文库制备试剂盒 - 含片段化酶 |
使用人 NA19240 基因组 DNA 为样本制备文库，起始量和 PCR 循环次数如图所示。使用 NEBNext Ultra II FS 建库时，进行 20 分钟的片段化。使用 Kapa™ HyperPlus 建库时，根据生产商建议，建库前先采用 3X 磁珠对 DNA 进行纯化，再进行 20 分钟的片段化。由于 Illumina® 仅推荐 Nextera 产品使用 50 ng 起始量，而非划定起始量范围；因此在本实验中仅使用 50 ng。采用“Covaris®”仪器在 1X TE 缓冲液中将起始 DNA 打断至 200 bp，然后使用 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）建库。误差条表示由 2 个用户操作的 3 – 6 次重复的平均标准偏差。
图 2：对于不同的起始量，使用 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒均能提供大小一致的片段
Next® Ultra™ II FS DNA 文库制备试剂盒 - 含片段化酶 |
使用人 NA19240 基因组 DNA 为样本制备文库，起始量如图所示。使用 NEBNext Ultra II FS 建库时，进行 20 分钟的片段化。使用 Kapa™ HyperPlus 建库时，根据生产商建议，建库前先采用 3X 磁珠对 DNA 进行纯化，再进行 20 分钟的片段化。使用 Agilent® Bioanalyzer® 评估建库产量。低起始量（1 ng 及以下）的文库无需稀释，即可上样到 Bioanalyzer 上。高起始量的文库在 0.1X TE 中以 1:5 稀释后再上样。
图 3：对于不同 GC 含量的微生物基因组 DNA，NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒能获得均一的 GC 覆盖度
Next® Ultra™ II FS DNA 文库制备试剂盒 - 含片段化酶 |
以 1 ng 的流感嗜血杆菌（Haemophilus influenzae）、大肠杆菌（Escherichia coli）（K-12 MG1655）、沼泽红假单胞菌（Rhodopseudomonas palustris）的混合基因组 DNA 为样本制备文库，使用 9 个 PCR 循环进行扩增，文库使用 Illumina MiSeq® 进行测序，所用的建库试剂盒如图所示。使用 NEBNext Ultra II FS 建库时，进行 20 分钟的片段化。使用 Kapa HyperPlus 建库时，根据生产商建议，建库前先采用 3X 磁珠对 DNA 进行纯化，再进行 25 分钟的片段化。采用“Covaris”仪器在 1X TE 缓冲液中将起始 1 ng DNA 打断至 200 bp，然后使用 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）建库。使用 Bowtie 2.2.4 比对 reads，并使用 Picard’s CollectGCBiasMetrics（v1.117）计算 GC 覆盖度。预期的标准覆盖度 1.0 以灰色的水平线表示，不同的 GC% 中 100 bp 区域的数量以灰色条形图显示，彩色折线表示标准化后的文库覆盖度。
图 4：使用 ULTRA II FS DNA 文库制备试剂盒获得的 DNA 文库产量比其他方法多 10 – 15 倍，数据来自 Wellcome Trust Sanger Institute 的 Peter Ellis
Next® Ultra™ II FS DNA 文库制备试剂盒 - 含片段化酶 |
以人类基因组 DNA 为样本，分别使用现有的 DNA 建库工作流程（CURRENT）、NEB Ultra II 和 NEB Ultra II FS 文库制备试剂盒进行 DNA 建库。将已连接接头的文库经过 PCR（4 – 12 个循环）扩增，纯化后使用 Agilent Bioanalyzer 平台进行定量。DNA 文库产量的标准数值为经过 12 个 PCR 循环扩增获得。

了解更多信息请查看 Wellcome Trust Sanger Institute 的资深科学家 Peter Ellis 在 AGBT 上发表的数据。
 

 

产品类别:
DNA Fragmentation & RNA Fragmentation Products,
DNA Library Prep for Illumina,
Automation for NEBNext® NGS Library Prep Products

  • 试剂盒组成

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • E7805S     -20    
        NEBNext® Ligation Enhancer E7374AVIAL -20 1 x 0.024 ml Not Applicable
        NEBNext® Ultra™ II Ligation Master Mix E7648AVIAL -20 1 x 0.72 ml Not Applicable
        NEBNext® Ultra II Q5® Master Mix E7649AVIAL -20 1 x 0.6 ml Not Applicable
        NEBNext® Ultra™ II FS Enzyme Mix E7806AVIAL -20 1 x 0.048 ml Not Applicable
        NEBNext® Ultra™ II FS Reaction Buffer E7807AVIAL -20 1 x 0.168 ml Not Applicable
        TE Buffer (1X) E7808AVIAL -20 1 x 1.1 ml 1 X
    • E7805L     -20    
        NEBNext® Ligation Enhancer E7374AAVIAL -20 1 x 0.096 ml Not Applicable
        NEBNext® Ultra™ II Ligation Master Mix E7648AAVIAL -20 3 x 0.96 ml Not Applicable
        NEBNext® Ultra II Q5® Master Mix E7649AAVIAL -20 2 x 1.2 ml Not Applicable
        NEBNext® Ultra™ II FS Enzyme Mix E7806AAVIAL -20 1 x 0.192 ml Not Applicable
        NEBNext® Ultra™ II FS Reaction Buffer E7807AAVIAL -20 1 x 0.672 ml Not Applicable
        TE Buffer (1X) E7808AAVIAL -20 1 x 4.3 ml 1 X

  • 特性和用法

    需要但不提供的材料

    • 80% 乙醇（新鲜制备）
    • 无核酸酶水
    • 0.2 ml 薄壁 PCR 离心管
    • NEBNext 单样本或多样本接头引物试剂盒（NEB #E7350、#E7335、#E7500、#E6609、#E7710、#E7730 或 #E7600）
    • 磁力架或磁力板（例如 NEBNext®磁性分离架，NEB #S1515S；Alpaqua ® 96S Super Magnet Plate 磁性分离板，#A001322；或类似工具）
    • PCR 仪
    • 涡旋
    • 微型离心机
    • 仅用于 NEB #E7805：SPRIselect® 试剂盒（贝克曼库尔特公司 #B23317）或 AMPure® XP Beads（贝克曼库尔特公司 #A63881）
    • 可选：10 mM Tris-HCl，pH 8.0，10 mM NaCl（当 DNA 起始量 < 100 ng 时，用于接头稀释）

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Protocol for FS DNA Library Prep Kit (E7805, E6177) with Inputs ≤100 ng
    2. Protocol for FS DNA Library Prep Kit (E7805, E6177) with Inputs ≥100 ng
    3. Protocol for FS DNA Library Prep Kit (E7805, E6177) for Large Fragment Sizes (> 550 bp)

  • 说明书

    产品说明书包含产品使用的详细信息、产品配方和质控分析。

    • manualE6177-E7805

  • 应用实例

    • High-yield, Scalable Library Preparation with the NEBNext® Ultra™ II FS DNA Library Prep Kit

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. When preparing samples using the NEBNext Ultra II FS DNA Library Prep Kit can my input DNA be in EDTA-containing solutions
    2. What do I do if I see a precipitate in the Ultra II FS Reaction Buffer
    3. Following the Fragmentation and End Prep steps of the NEBNext Ultra II FS workflow can the reactions be kept at 4C
    4. Do I really need to vortex the Ultra II FS Enzyme Mix
    5. What type of and how much starting material do I need to use when preparing libraries with the NEBNext Ultra II FS DNA Library Prep Kit
    6. Can I use the NEBNext Ultra II FS DNA Library Prep Kit for bisulfite conversion and EMSeq workflows?
    7. The ligation reaction is very viscous. What will happen if it is not mixed properly?
    8. Can I use the NEBNext Ultra II FS DNA Library Prep Kit to prepare libraries for sequencing on Ion Torrent sequencing instruments
    9. What is the concentration of my index primers
    10. Which NEBNext Oligos can be used with this library prep kit?
    11. Can I use this NEBNext kit with adaptors and primers from other vendors than NEB?
    12. Does the fragmentation reagent included in NEBNext Ultra® II FS DNA kits contain NEBNext dsDNA Fragmentase®?
    13. Is the NEBNext® Ultra™ II FS DNA Library Prep Kit for Illumina® compatible with all sample types?

  • 问题解决指南

    • Troubleshooting Guide for NEBNext® Ultra™ II FS DNA Library Prep Kit